间的分离与重聚之后，于1926年8月23日正式成立了名为那不勒斯足球联合会的专业足球俱乐部，这也是一般的历史书中记载的俱乐部成立日期。在其正式建队的前六十年间，他们的荣誉簿上仅有两次意大利杯冠军（1962年和1976年，其中前者是球队身在乙级联赛中创造的奇迹，也是迄今为止唯一一支非甲级球队夺冠的记录），可以说是亚平宁半岛上的三流球队。
不过这一切在1984年6月30日都成为了历史，因为那不勒斯在那一天用创造了意大利足坛纪录的750万美元转会费，从巴塞罗那带来了足球历史上最会踢球的那个人——迭戈·马拉多纳！要知道当时白海豚的身上还背负着一笔不小的债务呢，可是时任俱乐部主席还是力排众议，通过风险融资搞到了这笔巨款，论魄力，还真是难有人能与之比肩。
而这笔钱被日后的现实证明了是有多么的超值，在之前两个赛季还在为保级艰苦奋战的那不勒斯，在球王加盟的第一年就拿到了联赛第八，次年更是在时隔五年后又一次获得了联赛季军，这也是俱乐部历史上的最高排名。可谁知道一年之后，也就是1986-87赛季，那不勒斯人世世代代一直在苦苦追求的联赛冠军梦想竟然如此轻易地就实现了，这使得马拉多纳一夜之间就成为这座城市乃至整个地区的上帝。
当1990年意大利世界杯开赛之前，那不勒斯的上帝又为他的信徒们带来了一次轮联赛冠军（1990年）、两次亚军（1988、1989年），此外还有一座意大利杯（1987年）、一座意大利超级杯（1990年）以及一座欧洲联盟杯（1989年），令几乎所有的意大利人都投入到了他的“个人宗教”中。90年世界杯半决赛，意大利同阿根廷的比赛场地恰巧就被安排在了圣保罗体育场，结果当时在场的所有意大利球迷几乎都在支持马拉多纳领衔的球队，生生地把主队和客队做了一个交换，这不得不说是一个奇迹。
不过除了世纪球王之外，这支球队在新世纪之前就再也没有什么值得大书特书的了，从他们队史第一射手就是在这里仅仅效力了五个半赛季的前腰马拉多纳（115粒进球，球王在1991年被查出吸食渴卡.因得到了禁赛十五个月的处罚，所以在意大利实际效力的时间就是五个半赛季多一些）就可以看出来，那不勒斯并没有豪门的底蕴，连第二位可以成为俱乐部旗帜的巨星都没有。虽然佐夫、贾尼尼、费拉拉和卡纳瓦罗等球星都于职业生涯的早期在这里留下过足迹，可惜他们都是在加盟了其它豪门之后才成就的赫赫威名，与老东家都没有什么关系。
2004年夏天，那不勒斯在经历了破产并被勒令降级之后反而迎来新生，在电影大亨德·劳伦蒂斯（Aurelio De Laurentiis，已故著名导演迪诺·德·劳伦蒂斯的侄子）接手俱乐部后很快地就迅速崛起了。在2007-08赛季杀回意甲之后，先后引进了哈姆西克、卡瓦尼和伊瓜因等多位世界级球员，终于又成为了欧洲足坛的一支劲旅，虽然距离夺冠始终还差着那么一口气，不过已经有了长期霸占联赛前三位的底气了。
球队的现任主帅是57岁的萨里（Maurizio Sarri），他也许是意甲众豪强的主教练中最励志的一位了。萨里出生于那不勒斯的一个自行车世家，从小在自行车和足球的领域中都未展现出什么过人天赋的他在21岁的时候成为了一家银行的雇员，与此同时，也开始作为业余爱好者开始学习执教。
从2000年起，萨里毅然辞去了工作，全身心投入在了足球当中。在之后的十多年间他带领不同球队几乎征战过意大利所以级别的联赛，终于在2012年率领恩波利重新杀回意甲联赛，又在随后的几个赛季中将成绩都稳定在意甲的中游，萨里的