今内蒙古********一带，后逐渐强盛。并且把宗主察哈尔给赶到了辽东，他成为了右翼蒙古的首领，控制范围东起宣化、大同以北，西至河套，北抵戈壁沙漠，南临长城。后他为开辟牧场，又征服青海，甚至一度用兵西藏。
还曾兵临北京城下，迫明朝开放贸易，明朝被迫开放宣府、大同等地与蒙古进行马匹交易。几次战和之后，明朝册封俺答汗为顺义王，开放十一处边界贸易口岸。
俺答汗之后，其妻三娘子主政蒙古右翼三十年，约束蒙古各部，保持了与明朝的和平通贡互市关系。
俺达汗时，右翼土默特俺答汗的势力迅速壮大，在东边，是朵颜兀良哈人的牧地。当时，左翼的察哈尔部南下控制了兀良哈人的北部诸部时，俺答汗便争夺了兀良哈人南面诸部的控制权。
当时为了管理控制的这些兀良哈部，俺答汗便派自己的长子辛爱黄台吉携其子孙，率部份土默特部众，从土默川地区向东迁徙，到达宣府边外、独石、蓟州的满套儿一带，与东南部兀良哈人共同驻牧。
后来俺答汗去世，辛爱黄台吉返回呼合浩特继承汗号和顺义王位，并继娶三娘子。他在东土默特的领地则由其子噶尔图统领，并继续同兀良哈人驻牧一场。
等到了林丹汗时代，左翼察哈尔重新强大起来，林丹汗图谋效仿当年达延汗，重新一统蒙古各部，他一面不肯向后金臣服，一面又对东土默特发动兼并战争。
这场战争，最终东土默特部战败，战败后，东土默特部族在噶尔图之子鄂木布楚琥儿的率领下，归附了后金。他们归附后金后，从原驻地满套儿东迁，一直迁到了如今辽阳的朝阳一带游牧。
他们到了朝阳一带后，继续与兀良哈密切接触，有了更紧密的联姻关系，兀良哈人也成为黄金家族的塔布囊，也就是驸马。
后金天聪九年，后金封鄂木布楚琥儿为札萨克，将他的部众和驻牧之地编为了土默特右翼旗，而与东土默特联姻的塔布囊兀良哈人莽古尔岱，他的部众在后金时迁居到了朝阳附近的阜新一带，并统领了土默特部中的蒙古勒津蒙古人，到后金天聪三年。莽古尔岱的孙子善巴率部归附后金，后金便将善巴部众编为土默特左翼旗，封他为札萨克。
因此，东土默特部就形成了黄金家族台吉和兀良哈“塔布囊”异姓同牧的局面。
俺答汗所在的呼和号特本部。被称为西土默特，当年俺答汗强大时，曾经仿元大都和北京城，在大青山以南和大小黑河之间，建造了一座草原之城。库库和屯，意为青色之城。此后，他还续建了长达二十里的外城，并兴办草原手工制造业，使城市人口逐年增多，这座草原城市具备了更大的规模。
在此后的近百年时间里，这里都极为繁华。
不过俺答汗之后，风水轮流转，到林丹汗时，被赶到辽东去的察哈尔部又杀了回来。他们击败了东土默特后。一路向右翼蒙古地区进发，先后击败喀喇沁、土默特等部，占据********，控制了右翼蒙古广大地区。当时土默特博硕克图汗（阿勒坦汗四世孙）逃至鄂尔多斯，并于次年去世。其部众不愿受林丹汗奴役，四处逃亡，土默特部处于分崩离析状态。
后金西征察哈尔后，认识到西土默特地区的战略位置重要性，明白这里可以北控漠北、漠西，统御蒙古。南还可以逐鹿中原进攻明朝，同时土默特也是当时蒙古的大部落，尤其拥有极强的威望，仅次于宗主部察哈尔。因此便一直留守大将驻守。
黄台吉改后金为清后，女真便把西土默特部剩下的牧民丁口，分作左右两翼，每翼一旗，并任命了两个新的旗主。只是这两个旗主却不是俺答汗的后裔，以此铲除黄金家族对土默特的统治权。