虑，卓飞都极尽可能的做出正面回答，但军政会议也因此开了很长时间。与会者们包括蒋介石在内就连午饭都是在会议室里吃的，好在有蒋介石和毛周二人的支持，筋疲力尽的卓飞也终于拿到军政会中绝大多数人的支持票。经过国共双方的协调和商议，国共双方决定抽调出超过160万军队调归卓飞指挥，而卓飞则担任对日作战总指挥官，林彪和戴安澜成为卓飞的副手。
会议结束的第二天，林彪和戴安澜便赶来重庆，同卓飞进行过简短的会谈之后，国共两军随即开始频繁的调集兵力。按照卓飞第一步的作战计划，台湾成为第一个目标，担任主攻的是国军序列中的新五军，中共琼海支队担任助攻，经过卓飞和林彪、戴安澜两人的商议，对台作战的时间被定在了三天之后。