谈到基层组织建设问题的时候，秦书凯又谈了三个方面，一是地方各级部门，表面文章做的很到位，但是实际精力放到经济上，真是把基层组织放到重要的位置上的很少。二是投入不到位，很多地方的财政基本上都是基础建设财政，资金基本用到了城市建设等会方面。三是考核不到位。很多地方的考核都是雷声大雨点小，轰轰烈烈走形式，得过且过无结果。
秦书凯这么一说，底下很多人就认为，秦书凯把这是在跟自己的前途看玩笑。竟然当着省委组织部的领导面，说组织建设不到位，把精力全都放在经济上，这不是在批评组织部的工作不到位。
秦书凯的发言结束后，其他有几个学员也大着胆子说了一些自己的想法，第一个就是班级的班长，那也是一个厅级干部，他首先对秦书凯的观点进行了批评，认为秦书凯的观点以偏概全，基层组织建设那是党建设的大事，不管是省里还是下面，都是作为一把手工程来抓落实的，应该说成绩是显著的，至于秦书凯说的什么不足，那是很少的一部分地区和个人的做法。