他为三尼建造了飞鸟寺；名义上是皈依佛门；实际上是金屋藏娇，大行苟且之事。
这些还都是私德，可是还有一件事就更加严重了，苏我马子为了长期独揽倭国的政权，派遗刺客东汉直驹暗杀了崇峻天皇，最后又杀了东汉直驹灭口。
崇峻天皇可是推古天皇的同父异母的哥哥也是他的丈夫；虽然崇峻天皇的死使得推古天皇成了最大的受益者；可这件事也必须的查个清楚，给国人一个交代。
于是在家养病的苏我马子以及葛城县的苏我一家全被抓了起来。在中臣御食子大量的证据面前，第一个突破口很快被打开。苏我马子的女儿苏我河上娘和东汉直驹有染。
她见到铁证如山知道躲不过去，交代了父亲让姘头行刺崇峻天皇并被灭口的事实。
突破口一打开，苏我马子知道大势已去，只好交到了自己的全部罪行。额部秀将这将事情直接公布出来，天下哗然；都要求处死苏我马子。
推古天皇被逼无奈，直接抄了葛城县苏我马子的家，并将苏我马子处以绞刑。
不过苏我马子可是推古的亲舅舅，又是自己最得力的助手，在发现情况不了的时候就已经暗暗的通知了表哥苏我虾夷，让他带着两个外甥苏我入鹿和苏我石川麻吕逃到了百济避难。