此说倒颇有新意。他认为这种相参表现在两个方面：（1）水火相互吸引，被隔开之后二者“相忆相思”。相遇则发生急剧变化，共同复返于气，求得统一。（2）二者相互作用，有当量关系。关于第一种关系，他写道：“气传而为形，形分水火，供民日用。水与火不能相见也，借乎人力然后见。当其不见也，二者相忆，实如妃之恩夫、母之望子。一见而真乐融焉，至爱抱焉、饮焉、敷焉。顷刻之间复还于气，气还于虚，以俟再传（转）而已矣。”（《水火一》）关于第二种关系，他写道：“是故杯水与束薪之火，轻重相若；车薪之火与巨瓮之水，铢两相同。倾水以灭火，束薪之火亡，则杯水已为乌有。车薪之火息，则巨瓮岂复有余波哉？”（《水火二》）这是说当水火相互作用时，二者必须“轻重相若”、“铢两相同”。只有杯水与束薪之火、巨瓮之水与车薪之火，才符合相互作用所必须的数量关系。若以杯水对车薪之火，则水力不足。于是宋应星认为：“五行之内，生克之论生，水［必］胜火，见形察肤者然之。”（《水火一》）
关于水火相参关系，张载也有“水火相待而不相害”的思想（《正蒙.参两》），但宋应星对之作了定量论述。他举例告诉我们：“水上而火下，金土间之，鼎釜是也。釜上之水枯竭十升，则釜下之火减费一豆。火上而水下，熨斗是也。斗上之火费折一两，则其下衣襦之水干燥十钱。水左而火右，罂缶是也。罂内之水消三分，则炉中之火减一寸；炉中之火不尽丧，则罂内之水不全消。此三者，两神（水火二质）相会，两形不相亲，然而均平分寸，合还虚无。与倾水以灭火者同，则形、神一致也。”这是说水火相参呈现于日用，要想使其相互配合发挥更好效用，也必须使二者数量得宜，而同时还有数量上的变化规律。以火蒸煮釜内之水，水量增减多少，所耗费的火量亦相应增减多少。宋应星已隐约认识到水火间的热能传递有定量规律可遵。
现在我们已求得这个规律的准确形式。如将5000 克水从20℃煮沸，则需热量按式计算为40 万卡或400 千卡。式中C 为比热（水的比热为1 卡/克.度），m 为水量。如以无烟煤为燃烧，则其热值为8000千卡/公斤。换算后我们便知道将10 斤水从20℃煮沸，需无烟煤50 克。宋应星给出的数值不一定准确，但他的定量精神十分可贵，他的论断相当新颖。
他对水火相参关系作了定量讨论后引出结论说：“是故由太虚（元气）而二气名，由二气而水火形。水火参而民用繁，水火合而太虚现。水与火非［相］胜也，德友而已矣。”（《水火一》）他关于水火非相胜而相参相友的思想，后来由王夫之进而发挥成水火之间相互转化的论题。
宋应星在论述了他的形气水火说及二气五行说之后，还进一步将其用于万物的发展变化过程中，提出了“土石五金生化之理”及“草木与飞潜动植生化之理”，即无机自然界与生命自然界发展变化的规律。他在《形气五》谈到土石生化之理时写道：“土以载物，使其与物同化，沙与石由土而生，有生亦有化，化仍旧土，以俟劫尽。深山之中无石而有石，小石而大石。土为母，石为子，子身分量由亏母而生。当其供人居室、城池、道路之用，石工斫削，万斛委余，尽弃于地，经百年而复返于土。”这是说沙石均由土而生，从土中采出多少沙石，则土亏损多少。石采出供人使用后，又有一些遗弃于地，经久又复返于上，亏损的部分又得到补偿。由土承载和由土所生者，有生必有化，而“由土而生者，化仍归土，以积推而得之也。”至于五金生化之理，其规律是：“其生稀者，其化疏；其生广者，其化数”，而且“皆化为土，以俟劫尽”。作者认为凡从土中生得稀少的贵金属，其化归于土的过程较疏；而广生的贱金属化归于土