近三成的城市建筑被烧毁，二成的城市人口无家可归。
火灾亦使哥本哈根大学图书馆毁于一旦，近4万册图书付之一炬，其中大量是中世纪留存下来的珍本和孤本；哥本哈根大学天文台的观测设备和观测记录也被烧毁。
不过，学校幸免于1795年的大火。
虽然学校在1801年的哥本哈根战役[Battle of Copenhagen (1801)]中未受波及，但地质博物馆在1807年英国和丹麦的交战[Battle of Copenhagen (1807)中被毁，当时英国的舰队炮轰哥本哈根城(Bombardment of Copenhagen)，哥本哈根大学超过一半的古老建筑在这次战役中被毁。
1836年，新的大学主楼落成[18]。哥本哈根大学的很多附属机构，包括图书馆、动物学博物馆、地质博物馆、植物园和温室等都是在这段时间内建立起来的。
进入20世纪，哥本哈根大学把发展转向哥本哈根市的北部，在那Botanical Garden里成立新的大学医院、新的图书馆、理论物理中心、自然科学中心。
哥本哈根大学现有许多博物馆、博物园，如动物学博物馆、植物园和温室、地质学博物馆、医学博物馆等。
地质博物馆现藏有800多万种样品；植物园则最大规模地收集了现存植物种类，拥有全球三万多种植物，并拥有三个基因库。
哥本哈根大学图书馆现已并入丹麦皇家图书馆(The Royal Library， The National Library of Denmark and Copenhagen University Library)[19]，是北欧地区最大的图书馆。
哥本哈根大学的最高管理机构是校务委员会，委员会成员由学生、教师、管理和技术人员三部分组成。
教师主要分为荣休教授、教授、副教授和助理教授等；此外还有客座教授、资深顾问，以及特聘的专家导师和学术雇员等。学校不拘一格聘用人才，但仍需遵循丹麦政府的一系列规定，以确保学生获得最高质量的国际认证教学。
2014年学校有职工一万多人，其中教师超过一半；同期在校学生人数超过四万人，其中本科生两万三千多人，硕士和博士两万多人；此外还有国际学生近四千人。
大学的经费主要来自国家的直接拨款。1999年的年度预算是24.2亿丹麦克郎，其中有大约4亿克郎的资助来自国家科学研究委员会、国际组织以及私人基金和公司。
2010年大学预算超过10亿欧元，为全欧第四，仅次于Oxbridge和苏黎世联邦理工学院。
丹麦人口仅500多万，不到英国的十分之一、美国的百分之二、中国的千分之五，而她在各领域或培养或吸引的杰出人物却是灿若繁星，这其中哥本哈根大学厥功至伟。