自己后还是会选择进入代码之源。不过有了心上人的救世主也许会为了救心上人而放弃进入代码之源，这就是女主存在的目的，这听起来有点可悲，但却合理。
但这也是先知的一个赌注，并且胜率未知。所以为了增加赢率，先知会在第二部中瞒着建筑师暗中给他提示。所以第二部结束时，先知的这一步计划成功了，Neo为了救Trinity而忤逆了建筑师，没有进入代码之源。这也为Matrix崩溃造成了威胁，因为只有Matrix崩溃了，圈养的人类才会大面积苏醒过来。但先知仅仅做到这一步是不够的，因为全面解放人类，也会导致机器与人类全面开战，为了让人类赢得胜利，先知需要一个筹码，一个专门针对机器的筹码，这就是Smith探员。所以先知在跟主角的对话中才会提到Smith是救世主程序的反面。
在建筑师的监视下，这一程序应该是先知一手改写的。按照建筑师的说法，先知这一程序是要定期检查的，不然也会危及系统，这说明先知在Matrix中的权限相当高，几乎和建筑师持平，建筑师虽能监视先知，但却无法消除这个仅次于自己的程序。因此，Smith探员就是强大的先知一手创造出来的救世主的某种镜像。所以早在Smith还是个合法程序时，他就强烈地表现出非法程序的“气质”——审问Morpheus时，他想脱离Matrix的愿望比Neo还强。
而在救世主身上的非法程序代码，也就是力量程序被激活之时，Smith身上的非法代码也激活了——从第一部中隶属于Matrix执法系统的官方程序摇身一变，成了第二部中逍遥法外的非法程序。如果说救世主是建筑师可控的非法程序的最终形态的话，那么Smith就是只属于先知的，建筑师意料之外最可怕的不可控非法程序的最终形态，因为他能同化、感染其它的程序。所以第三部中Smith会强大到威胁整个Matrix的存亡，强大到让建筑师对其都无能为力的地步，这样即便失去了主角的先知，也有了能毁灭Matrix的另一手准备，并因为Smith的强大只针对Matrix和机器，从而几乎全面提升了人类战胜机器的希望曙光。
但主角在第三部中通过建筑师知道了先知的计划后，也知道自己中了先知的诡计，并告诉主角先知的计划是错误的，因为建筑师在决定启动完美世界计划的时候，就已经让程序与人类开始相融合了，这点是先知也不知道的。
所以当Smith感染Matrix令其崩溃得时候，也就是人类全部死亡的时候。由于Smith是Neo程序的反面，所以也只有Neo可以凭借身体与Smith相克的代码将其毁灭，从而保证Matri和人类都能活下来。
但这样一来，Neo用消灭Smith为筹码与建筑师亦或是机器大帝谈判，欲要换来人类与机器之间真正的和平，最后建筑师同意了，并承诺想要自由的人类可以苏醒，但想要虚幻的人类可以继续留在Matrix世界中等待完美世界的降临。
最后，主角打败了Smith，建筑师也和先知见了面，影片最后是建筑师对先知说：“你玩了一个很危险的游戏。”暗示先知下了一盘很大很大很大的棋，冒着整个矩阵毁灭的风险，算计了自己。迫使自己跟救世主妥协，给被矩阵奴役的人类自由。但是在完美世界降临前，人类与机器是不可能和平的。而后先知也会很嚣张的跟建筑师说：“她的目的尚未达到，如果人类与机器不能和平，那就等到和平结束，再博弈好了。”
听到这，安迪恍然道：“先前先知算计建筑师，是在看似同一个阵营暗中下的手。再博弈，两个程序完全明面上的对立，后续的确不好写，弄不好除了已有的故事脉络再来个四的话，一不小心整个脉络就会