湾巡抚刘铭传将巡抚衙门设在台北，到1894年，时任台湾巡抚邵友濂将省会搬迁至台北，台北逐渐成为台湾的政治中心。
林飞为了不刺激清廷，没有立刻宣布台湾解放，而是低调地在台北和基隆贴出告示，安抚民心。
林飞的改革工作也在踏踏实实地进行，首先改革的就是土地制度，此时的台湾有官田和私田，官田就是原本属于清廷的国有土地，这些土地自然被林飞收为己有，私田则区别对待，把地主的土地分给少田的农户和无田的佃户，稍微富裕一点的农民允许其自留土地。
台湾的各个部族也有土地，这些土地被清廷称为“番田”，林飞首先取缔了“番田”这个称呼，严禁以“番”这个词称呼各个部族，然后允许各个部族自行处置自己的土地。
其次改革的就是工业，刘铭传从1885开始经营台湾，在台湾留下了不少厂矿，甚至还有铁路，这段铁路从台北到新竹，铁路是林飞十分看重的东西，于是林飞把这段铁路上的技师等人才全部组织起来，留待己用，对其余的厂矿，则帮助他们恢复生产。
11月25日，余锡尔、刘大明、孙勇和马成风四人来到台北，在饭桌上，林飞把邓世昌要来招安的事情说了出来，余锡尔首先愤然说道：“我们和清国一样，是一个独立的国家，清国凭什么招安我们？”
刘大明、孙勇和马成风等人不太清楚“招安”是什么意思，开口就问，余锡尔给三人解释一番，三人都面露不忿，刘大明把酒杯一墩，说道：“咱们在华夏帝国过的什么日子？神仙的日子！在清国呢？他娘的孙子的日子，老子不回去，打死不回去。”
孙勇和马成风的反应不像刘大明那样激烈，却也表示不回去了，林飞看到他们都是这样的表态，也就放心了。
林飞想到邓世昌见自己难免叙旧，自己虽然知道一些以前的事情，可毕竟不是每件事情都知道的，到时候邓世昌和自己一叙旧，自己什么都回答不上来，那多尴尬啊。
自己要找一个知道自己以前事情的水兵，给自己帮忙，听刘大明说，自己是个孤儿，长年居住在军舰上，自己的事情致远舰的水兵应该比较清楚，那找谁好呢？孙勇应该不错，在伊巴雅特岛的时候，他说过他常年追随我，找他来应该没错。
吃过了饭，林飞把孙勇留下，说道：“我在海战的时候脑袋受了伤，你记得吧？”林飞没有说谎，林飞穿越的时候，正好赶上原来那个林飞受伤昏迷，林飞就连思想带身体把原来那个林飞替换了，这件事情也成了林飞用来解释自己和原来不太一样的原因。
孙勇笑道：“当然记得，当时吓死我了，我还以为您不行了呢，幸好后来您醒了过来。”
林飞笑道：“记得就好，是这么回事，我受伤之后很多事情都不记得了，等邓管带来的时候，我需要你跟在我身边，提示我以前发生过的事情。”
孙勇答应下来，转过天来，11月26日，一艘悬挂清廷龙旗的客船驶进了基隆港，来的人，正是邓世昌！
邓世昌还带着三十多个随从，有的身穿官服，显然是官员，有的身穿长衫马褂，显然是幕僚，还有的身穿短衣，显然是随从。
基隆到台北不到二十公里，所以邓世昌众人没有花费太多时间就来到了台北，林飞简单地准备了一个欢迎仪式，李明白、刘大明等高官悉数到场，在准备欢迎仪式的时候，林飞特地叮嘱黄飞鸿，把玉凝霜看管好，别让她到会场来。
欢迎仪式在驿馆的院子里举行，林飞和邓世昌都带着部下，相向而行，林飞离着邓世昌老远就把手伸了出去，想要和邓世昌握手，可让林飞没想到的是，邓世昌走到他近前的时候，不仅没有伸手和他相握，反而扬起手