人在燕子矶抢修永固工事，并调二个重炮营，二个高炮营至燕子矶阵地封锁长江江面，阻止日军军舰沿江而上。这个什务是很艰巨的，这个阵地要面临日军舰炮的轰击和飞机的轰炸，还要面对步兵的攻击。面对这样的任务，桂永清毫无惧色，毅然接受了下来。
经过了二天的思考和研究，王海涛和下面部队的主官制订了防御计划。南京防御分成三道防线，第一道最外围的防线是马鞍山至溧阳至镇江一线，镇江由何知重的一零三师驻防，溧阳由九十军的九十一师驻防，马鞍山由霍守义的一一二师驻防。
第二道防线由京芜路上的大胜关起至淳化镇至汤山镇至龙潭镇成弧型防御阵地。这条防线由七十四军的二个师和孙元良的八十七师驻守。第三道阵地是南京城的复廓阵地，从江宁要塞至雨花台至仙林镇至紫金山一线，这也是南京城外的最后一道阵地了。
由一五九师加强江宁要塞，由第九十军的第九十二师守雨花台，由六十六军的一六零师守仙林镇，由九十军的九十师守紫金山。宋希濂的三十六师守下关，王敬久的八十八师守燕子矶外围。桂永清的教导总队除了守燕子矶的部队外，在城内做巷战准备。宪兵司令部司令萧山令负责率领全部宪兵维持南京市内治安和秩序。