了两级而不是一级。主官叫总领官，副官叫佐领官。
科下是组，级别等同营，主官也叫管带官，副官也叫管带副官，组下不再设置机构，但同样有级别，包括游击官、排标官等。
锦衣卫、玉衣卫、暗衣卫三卫隶属于特殊单位督查军镇，属内卫，而督查军镇虽然属于军队序列，但是直接由皇帝管辖，皇帝还兼任督查军镇镇抚使，同时三卫指挥使、指挥佐使都有权利参加朝会，
能被称为锦衣卫（或者玉衣卫、暗衣卫）的都是军官，最基层的则被称为锦衣军士（玉衣卫相同，但暗衣卫没有军士），军衔最低都是伍士一级，来源都是各军种中经过审核通过的老兵。