后来也得到了非常好的证实。
泰昌元年，升为太仆寺卿，后任右佥都御史兼天津巡抚，与登莱巡抚袁可立互为犄角，专饬海防，修战船、治兵器、建水军，曾镇压河北、山东的白莲教起义。
天启年间，与其他东林党人一样，受到魏忠贤排挤，只能回家乡了。
直到崇祯元年，崇祯皇帝钦定逆案，魏忠贤集团倒台，毕自严再一次被启用为户部尚书。
在财源枯竭、入不敷出的情况下，毕自严精心协调、精打细算，支撑明朝财政近十年，功在社稷。可以说崇祯初年，朝廷能有那么好的财政状况，毕自严功不可没。
袁崇焕在辽东的辽饷，平定叛乱的银子，全都是毕自严一手筹措的。
毕自严从抓节源开流着手，首先提出裁汰冗兵、兴复屯田，地方官吏以经济发展速度来考核。毕的建议得到崇祯皇帝的称赞。其后，他广泛征求朝廷老臣的意见，系统地提出了十二条条解决财政困难的措施。
包括增加盐引，令商人运粟实边，裁汰冗兵冗役，检查军饷虚冒，开发京东水田，清查天下隐田，兴办军屯等项，皆得允行。
为了杜绝地方官侵吞赋税银两，他亲自主持编订了赋役清册，颁行天下，严格监督审核，使贪污现象受到控制。原来的官屯地亩因年代久远皆被势家豪族侵占，赋税收不上来，毕自严不畏困难，亲自主持核查清丈了官屯地亩，明令按亩起科，增加了收入。
在他的精心谋划下，冗兵冗费减下来了，虚报冒领、贪污侵吞大大减少，国家赋税收入增加了，明代财政出现了复苏的迹象。
崇祯皇帝曾经想过启用毕自严，因为这真的是一个能人，有他来主持自己的赋税改革，绝对是事半功倍的事情。
历史上毕自严最出名的一次是皇太极兵围北京城，天下勤王兵马四十万云集京师四周，粮草军饷供应成了严重的问题。
毕自严连续月余目不交睫，衣不解带，昼夜不停地手批口答处理后勤供应事务。在他的精心筹划下，粮饷供应及时，为挫败清军围城立了大功。清兵退走后，毕自严累得头脸肿得像斗一样大，口吐鲜血不止。崇祯帝非常感动，晋升他为太子太保。
只不过毕自严的政策只能治标，并不能治本，无论他如果努力，如何当精竭虑，朝廷的财政依旧是入不敷出。
崇祯四年，兵部尚书梁廷栋请增天下田赋，在旧增五百二十万两之外，再增新饷一百六十五万，崇祯皇帝在毫无办法的情况下予以批准，又把全国百姓往死亡线上推了一步。
在这种情况下，毕自严条上十事，提出补救措施，请崇祯注意百姓已到了家家悬釜的境地，请酌减天下赋税，以使小民有升斗之蓄，当然，他的意见崇祯皇帝无法接受。
这也就导致了后来农民起义大流行，怎么样都清缴不灭。
看了一眼孙承宗，崇祯皇帝苦笑着摇了摇头，一旦这个时候将毕自严启用，那朝堂上必然会有支持自己新政的势力，哪怕损害了他们自己的利益，但是他们能够攫取到政治资本，这些人就是东林党。
毕自严只是一个开始，朝堂上肯定会出现更多的东林党，这个口子该不该开，该怎么开，对崇祯皇帝来说是一个巨大的考验。
“皇上，毕自严长于经济，对政策把握非常的精准，是非常合适的人选！”孙承宗见到崇祯皇帝迟疑，自然知道崇祯皇帝在担心什么，可是他不明白，为什么崇祯皇帝对东林党有如此大的戒心，已经到了宁可一人不用的地步。
崇祯皇帝叹了一口气，他当然知道毕自严是非常合适的人选，可是真的能用他？
孙承宗有些无奈，自己前面的话是