。科举制度为明朝提供了相对公平的选官渠道，这是其积极意义。冯琦本人就是通过科举进入仕途：隆庆五年进士，历任知县、刑部主事、礼部侍郎。但他也深知科举制度的局限：考试内容僵化，八股文束缚思想；录取名额有限，多数士人皓首穷经；科举成为唯一正途，压制了其他人才选拔渠道。
沈一贯补充道：“科场舞弊，历代有之，然万历以来尤甚。关节、请托、代考、夹带，花样百出。而捐纳之制，使富人可凭钱财得官，更坏了选官风气。”他举了个例子：万历二十四年顺天乡试，舞弊案发，牵扯官员数十人，举人革职者十余人。
但比选拔更重要的是任用。明朝官员任用中的问题更加突出：一是重资格轻能力，按资排辈，年轻有为者难获重用；二是任期过短，地方官往往不满三年即调任，难以深入了解民情、推行政策；三是考核流于形式，考满、考察多凭文书，不看实绩；四是党争影响任用，万历以来，齐、楚、浙、宣、昆各党互相倾轧，用人先看派系，后论才能。
冯琦想起海瑞的例子：这位以刚直著称的官员，嘉靖年间上《治安疏》险些被杀，万历年间任应天巡抚，大力整顿，却遭权贵抵制，任职仅半年即被调离。“清官难容，能吏难久，此用人机制之弊。”他感慨道。
财政管理制度是国家命脉。明朝财政的最大问题是结构单一，过度依赖农业税。冯琦查阅过户部档案：万历六年全国税收总额，田赋占六成五，盐课占一成五，茶课、商税等合计不足一成，其余为杂色收入。这种结构在农业社会尚可维持，但明朝中后期商品经济已有相当发展，朝廷未能有效开拓新税源。
更棘手的是财政管理混乱。沈一贯作为内阁大学士，深有体会：“户部名义上总揽全国财政，实则内库、太仓、常平仓各有隶属。宫廷开支由宦官掌管的內库负责，不受户部监督；各地存留与起运比例混乱，地方往往截留税款；而临时加派如辽饷、剿饷、练饷，又不在常制之内。”这种分散的管理体制，导致朝廷难以掌握真实的财政状况，更谈不上有效预算。
支出方面，军费、宗藩俸禄、皇室开支构成三大负担。冯琦算过一笔账：万历二十九年，全国财政收入约四百万两，而仅辽东军费一年就需三百万两，加上九边其他军镇，军费超过四百万两，已入不敷出。宗藩人口至万历末年超过二十万，岁禄成为沉重负担。而皇室奢侈无度，万历皇帝为诸王婚嫁、公主出嫁，动辄耗银数十万两；三大殿工程预算五百万两，实际耗费远超此数。
“量入为出，古之善政。”沈一贯说，“然今之财政，入不敷出，则加赋于民；民不堪命，则变乱生。此恶性循环也。”他提到陕西连年旱灾，朝廷非但不减免赋税，反因辽东战事加征辽饷，导致饥民为盗，高迎祥、李自成等最初都是被逼造反的农民。
司法刑狱的公正与否关系社会稳定。明朝立法不可谓不严密，《大明律》与《大诰》构成完整的法律体系。但在司法实践中，问题丛生。冯琦在刑部任职时发现：一是“律”与“例”的关系混乱，后期“以例破律”成为常态，法律失去了稳定性和可预期性；二是司法过程被胥吏、师爷操控，这些人熟悉律例漏洞，往往枉法徇私；三是厂卫等特务机构享有司法特权，可以绕过正常程序直接抓人、审讯，破坏了司法公正。
沈一贯提到嘉靖年间的李福达案：此案本是一桩普通的宗教案件，但因牵扯朝廷党争，反复审理十余年，牵连官员数百人，最终成为政治斗争工具。“司法沦为党争武器，则天下无公理矣。”他说。
更严重的是，法律执行中普遍存在的“赎刑”现象。冯琦查阅档案，发现从嘉靖到万历，赎刑收入占刑部收入的比重逐年上升。富人犯罪可纳银抵罪，穷人犯罪只能受刑，