别研究了辽东战事。从万历四十七年的萨尔浒之战，到崇祯十五年的松锦大战，明军屡战屡败。他发现，失败的原因不仅在于战术失误，更在于制度性缺陷：兵部与户部在后勤保障上互相推诿，文官督师与武将统兵权责不清，各镇总兵各自为政。松锦大战中，洪承畴部被围，其他明军坐视不救，正是这种制度缺陷的悲剧性体现。
更让戴震注意的是军事技术的停滞。明朝火器曾领先世界，但发展逐渐陷入“引进-仿制-停滞”的循环。军工生产由官府严格控制，工匠世袭，技术保密，导致创新缓慢。当后金（清）已熟练掌握红夷大炮时，明军火器反而落后。他在笔记中写道：“武备之要，在制不在器。有良器而无良制，器终为人所用。”制度比技术更重要，这是明朝军事失败的另一面镜鉴。
党争内耗加速了政治衰败的过程。戴震整理了万历至崇祯年间的党争史料，发现一个令人痛心的轨迹：嘉靖年间“大礼议”开启党争序幕，万历年间国本之争使东林党与齐、楚、浙各党对立加剧，天启年间阉党迫害东林党人，崇祯年间党争虽换了形式却未止息。朝堂上，官员们忙于攻讦政敌，而不是协力解决国家危机。
他读到崇祯十四年，李自成围攻开封时，朝廷仍在争论是否调左良玉部救援；崇祯十七年，李自成逼近北京，朝廷还在争论南迁与否。这种在危机面前无法形成统一意志的局面，正是长期党争的恶果。戴震在笔记中感叹：“党争之祸，甚于流贼。流贼伤肌体，党争蚀心脉。”
人才选拔与使用机制的缺陷同样值得深思。科举制度虽相对公平，但考试内容僵化，八股文束缚思想。更严重的是，明朝中后期官场风气败坏，正直之士难以容身。于谦在土木之变后力挽狂澜，却因夺门之变被冤杀；海瑞直言敢谏，一生清贫，却屡遭排挤；熊廷弼、袁崇焕等辽东督师，或因党争或因猜忌而不得善终。
戴震特别研究了崇祯朝的人才使用。皇帝求治心切，却性格多疑，十七年间换了五十个内阁大学士，杀了七个总督、十一个巡抚。这种对人才的疑忌和摧折，使得有志之士寒心，无能之辈得势。当孙传庭在潼关战死、卢象昇在巨鹿殉国后，明朝已无可用之帅。他在页边写道：“得人者昌，失人者亡。明非无人，乃不能用其人、信其人、全其人。”
社会矛盾的激化是王朝覆灭的根本原因。戴震查阅了大量地方志和笔记，发现明朝中后期土地兼并日益严重。在江南，“富者田连阡陌，贫者无立锥之地”；在北方，王府、勋贵占田动辄万顷。一条鞭法改革后，赋役折银，农民需要将农产品换成白银交税，在银贵谷贱时负担加重。天灾频仍，万历至崇祯年间，大规模旱灾、蝗灾、瘟疫接连发生。
但最致命的是朝廷应对失当。万历四十三至四十四年，山东大旱，“人相食”，而税监仍在催科；崇祯元年至三年，陕西连年大旱，颗粒无收，官府仍征辽饷。走投无路的农民只能铤而走险，高迎祥、李自成、张献忠等人最初都是被迫为盗的饥民。当李自成提出“均田免赋”的口号时，立刻得到广大贫苦农民的响应。戴震在笔记中沉重地写道：“民为邦本，本固邦宁。虐用其民，虽欲不亡，不可得也。”
对外部变化的迟钝反应是战略失误。明朝初年，郑和船队的远航显示了中国拥有领先世界的航海技术。然而永乐之后，逐渐转向保守，正统年间停止下西洋，嘉靖年间实行严厉海禁。当欧洲开始地理大发现、积极开拓海外市场时，明朝却闭关自守。隆庆开关后有限开放月港，但整体上仍持消极态度。
与此同时，北方边患日益严重。明朝长期陷入与蒙古各部的拉锯战，消耗了大量国力。万历后期女真崛起，明朝未能及时调整战略，仍然沿用分化瓦解蒙古部落的老办法，对新兴的建州