自守，错失了参与全球贸易体系的机会。隆庆开关后有限开放月港，但整体上仍持消极态度。与此同时，北方边患日益严重。明朝长期陷入与蒙古各部的拉锯战，消耗了大量国力。万历后期女真崛起，明朝未能及时调整战略，仍然沿用分化瓦解蒙古部落的老办法，对新兴的建州女真重视不足。萨尔浒之战惨败后，明朝在辽东转入战略防御，却未能有效整顿军备、改革军事制度。松锦大战的失败，彻底丧失了关外战略主动权。这种对外部威胁反应迟缓、战略调整滞后的特点，使得明朝在内外交困中陷入被动。
内部党争加速了政治衰败。嘉靖年间“大礼议”开启了明朝党争的序幕，万历年间围绕国本之争，东林党与齐、楚、浙各党对立加剧。天启年间魏忠贤专权，阉党大肆迫害东林党人，制造了“东林六君子”等冤狱。崇祯即位后虽铲除阉党，但党争并未止息，反而因缺乏强有力的仲裁者而更加激烈。朝堂上，官员们忙于攻讦政敌，而不是协力解决国家危机。杨嗣昌提出“攘外必先安内”，主张与清议和、集中力量镇压农民军，遭到言官激烈反对而难以实施。周延儒、温体仁等内阁首辅醉心权斗，缺乏担当。李自成逼近北京时，朝廷仍在争论是南迁还是死守，是调吴三桂入关还是坚守山海关，贻误了最后时机。党争消耗了宝贵的政治资源，使朝廷在危机面前无法形成统一意志和有效决策。
忽视民生根本导致统治基础崩塌。明朝中后期，土地兼并日益严重，江南地区“富者田连阡陌，贫者无立锥之地”。一条鞭法改革后，赋役折银，农民需要将农产品换成白银交税，在银贵谷贱时负担加重。天灾频仍，万历至崇祯年间，大规模旱灾、蝗灾、瘟疫接连发生，特别是陕北地区连年大旱，颗粒无收。然而朝廷赈济不力，官吏催科如故，走投无路的农民只能铤而走险。高迎祥、李自成、张献忠等人最初都是被迫为盗的饥民。农民军提出“均田免赋”的口号，得到了广大贫苦农民的响应，队伍迅速壮大。明朝统治者未能认识到，当最基本的生存权都无法保障时，忠君爱国的说教便苍白无力。李自成进攻北京时，沿途州县纷纷归附，甚至“焚香迎贼”，这正是民心离散的明证。
人才选拔与使用机制存在严重缺陷。科举制度虽相对公平，但考试内容脱离实际，八股文束缚思想，选拔出的官员往往缺乏经世致用的能力。更严重的是，明朝中后期，官场风气败坏，正直之士难以容身。于谦在土木之变后力挽狂澜，却因夺门之变被冤杀；海瑞直言敢谏，一生清贫，却屡遭排挤；熊廷弼、袁崇焕等辽东督师，或有才干或有战功，却或因党争或因猜忌而不得善终。崇祯皇帝求治心切，却性格多疑，十七年间换了五十个内阁大学士，杀了七个总督、十一个巡抚。这种对人才的疑忌和摧折，使得有志之士寒心，无能之辈得势。当孙传庭在潼关战死、卢象昇在巨鹿殉国后，明朝已无可用之帅。人才的匮乏与浪费，加速了王朝的衰亡。
军事制度的失败尤为惨痛。卫所制度在明初有效实现了“寓兵于农”，但至明中期已腐朽不堪。军屯被侵占，军户大量逃亡，军队缺额严重，战斗力低下。嘉靖后逐渐转向募兵制，戚继光的戚家军、俞大猷的俞家军都证明募兵可以练成精锐。但募兵需要巨额军费，且容易形成将领私兵。明末左良玉、吴三桂等军阀坐大，朝廷难以节制。军事指挥体系也存在严重问题，文官督师、武将统兵，权责不清；兵部、户部在后勤保障上互相推诿；各地总兵各自为政，缺乏协同。萨尔浒之战中四路明军互不呼应，松锦大战中八镇总兵见死不救，都是制度性缺陷的体现。此外，明朝长期忽视火器发展和军事技术革新，当清军已熟练掌握红夷大炮时，明军火器反而停滞不前。
文化思想的僵化制约了变革可能。明朝将程朱理学定为官方意识形态，科举以朱熹《四书章句集注》为标准答案，思想控制日益严密