当大明朝堂深陷于魏忠贤阉党与东林党人血腥内斗的泥沼时，帝国东北边陲的辽东大地，一场足以燎原的烽火正悄然积聚，终将演变成吞噬大明国祚的熊熊烈焰。这场烽火的中心，便是建州女真首领努尔哈赤及其创立的后金政权。
努尔哈赤，姓爱新觉罗，其祖、父皆曾在明军任职，后在明军讨伐女真其他部落的战事中误遭杀害。凭借明廷所赐的敕书和少量遗甲起家，努尔哈赤以卓越的军事才能和政治手腕，开始了统一女真各部的进程。他创立八旗制度，将分散的女真部落整合成一个组织严密、战斗力强悍的军事共同体；他命人创制满文，提升了民族凝聚力。至万历四十四年（1616年），努尔哈赤在赫图阿拉称汗，建国号“大金”（史称后金），建元“天命”，正式与明朝分庭抗礼。
明朝方面，自张居正改革时期重用李成梁镇守辽东，虽一度维持了相对稳定的局面，但李成梁晚年为求边功，对努尔哈赤的崛起采取了绥靖甚至扶持的态度，养虎为患。万历后期，朝廷党争加剧，财政窘迫，对辽东的注意力和管理力度均大为下降。边备逐渐废弛，军饷拖欠严重，官兵士气低落。
后金政权的崛起，严重威胁了明朝在辽东的统治和作为明朝藩属的叶赫等女真部落。万历四十六年（1618年），努尔哈赤以“七大恨”告天，誓师伐明，正式揭开了明金战争的序幕。其兵锋首指抚顺，明守将李永芳不战而降，抚顺失陷，辽东震动。
消息传至北京，举朝惊骇。明神宗决定调兵遣将，大举征剿，意图一举歼灭后金。万历四十七年（1619年），明朝集结了来自全国各地及朝鲜、叶赫部的联军，号称四十七万（实际约十一万），兵分四路，由经略杨镐坐镇沈阳指挥，向赫图阿拉合围，企图一举荡平后金。这便是决定辽东命运的“萨尔浒之战”。
然而，明军虽众，却存在致命弱点：兵力分散，各路将领互不统属，协调不力；主帅杨镐庸懦无能，急于求成；军队多为临时抽调，不习辽东地理气候；更重要的是，朝廷内部对此次大战的决策和准备充满仓促与轻敌。努尔哈赤则采取了“凭尔几路来，我只一路去”的集中优势兵力、各个击破的正确战略。
战役自三月初一开始。努尔哈赤首先集中八旗精锐，在萨尔浒山击溃明军主力杜松部，总兵杜松战死。随后，迅速转移兵力，击败马林率领的北路明军。接着，设计诱使刘綎率领的东路军深入，在阿布达里岗设伏全歼，刘綎力战身亡。仅李如柏率领的南路军仓皇撤退，得以保全。明军三路丧师，文武将吏死者三百一十余人，军士阵亡四万五千八百余人，损失惨重。
萨尔浒之战是明清兴亡史上的关键转折点。此战后，明朝在辽东的战略态势由主动进攻转为全面防御，而后金则掌握了战争主动权，势力大增。努尔哈赤乘胜进军，接连攻陷开原、铁岭等重镇，辽东局势急剧恶化。
面对危局，明朝不得不调整策略，转而采取“固守辽西”的方针。天启年间，先后起用熊廷弼、袁应泰、王化贞、孙承宗、袁崇焕等经略、督师经营辽东。其中，熊廷弼提出“三方布置策”，但受朝中党争掣肘，未能有效实施，最终因广宁失守与王化贞一同被问罪处死。孙承宗则大力整顿关宁锦防线，修筑堡垒，任用袁崇焕等将领，局势一度有所稳定。
天启六年（1626年）正月，努尔哈赤亲率大军西渡辽河，围攻宁远城（今辽宁兴城）。此时宁远守将乃兵备佥事袁崇焕，他团结军民，誓死守城。面对后金军的猛烈进攻，袁崇焕指挥若定，利用西洋大炮（红夷大炮）的威力，重创敌军。努尔哈赤在此战中可能身受炮伤，被迫撤军，不久后郁郁而终。此即“宁远大捷”，是明军自萨尔浒惨败后取得的首次重大胜利，极大地鼓舞了明朝的士气。
努尔哈赤死后，其第八子皇太极继位，改元天聪。皇太极调整策略