子朱常洛为皇太子。同时，封皇三子朱常洵为福王，命其离京就藩。
“国本”虽定，但这场旷日持久的争斗所带来的恶果，却已无法挽回。
首先，它彻底撕裂了皇帝与文官集团之间的信任。万历皇帝深感自己作为天子的权威被臣下挑战和束缚，心灰意冷之余，采取了更加消极的怠政态度，此后数十年几乎不再临朝，朝廷政务陷入半停滞状态。
其次，它开启了明末激烈的党争之门。在“国本之争”中，官员们因立场不同而分野，互相攻讦，形成了不同的政治派系。这些派系斗争在后续的“梃击案”、“红丸案”、“移宫案”中愈演愈烈，最终演变为东林党与齐楚浙党等阉党之间的生死搏斗，彻底掏空了明朝的政治凝聚力。
再者，它留下了巨大的隐患。福王朱常洵并未立即就藩，长期滞留京师，其母郑贵妃及其背后的势力始终未曾放弃夺嫡的幻想，使得太子朱常洛的地位始终处于微妙的不稳定之中，为后来的宫廷疑案埋下了伏笔。
“国本之争”如同一场漫长的政治高烧，耗尽了万历朝最后的活力。当帝国的注意力全都集中在紫禁城内那场关于一个孩子地位的争吵时，辽东的女真首领努尔哈赤正在悄然统一各部，积蓄力量；各地的灾荒与民变也在不断发生。大明王朝，在赢得了“国本”的虚名之后，正无可挽回地滑向深渊。那被争来的“国本”，最终也未能保住这个日渐倾颓的帝国。
张居正时代的尘埃落定，并未给万历朝带来预期的清明与稳定，反而如同打开了潘多拉魔盒，释放出党争与怠政的幽灵。皇帝在彻底清算了自己的老师之后，似乎也耗尽了他早年对朝政的热情，日益沉溺于深宫的奢靡与怠惰。而一场更为持久、更加消耗帝国元气的风暴，正在紫禁城的深处酝酿，这便是长达十余年、震动朝野的“国本之争”。
风暴的源头，在于储君之位——帝国的根本。万历十年，万历皇帝偶然临幸宫女王氏，生于朱常洛，是为皇长子。然而，这次临幸并非皇帝本意，他对王氏并无感情，对偶然得来的长子也颇为冷淡。真正集万千宠爱于一身的，是万历十四年郑贵妃所生的皇三子朱常洵。郑贵妃聪慧机敏，深得帝心，万历皇帝对她几乎言听计从，爱屋及乌，对朱常洵也寄予厚望，隐隐有立其为储之心。
然而，大明祖制，“有嫡立嫡，无嫡立长”。皇后无子，皇长子朱常洛便是法理上无可争议的继承人。皇帝对长子的冷淡和对三子的偏爱，立刻引起了恪守礼法的文官集团的警觉。万历十四年，首辅申时行（继张居正、张四维之后）上书，援引祖训，请求尽早册立朱常洛为皇太子，以定“国本”。
这道奏疏，如同投入平静湖面的石子，瞬间激起了巨大的波澜，也正式拉开了“国本之争”的序幕。万历皇帝对此极为不悦，他以“皇子幼弱，稍俟二三年举行”为由，予以拒绝。但这敷衍的借口无法平息朝臣的疑虑。他们担心皇帝受郑贵妃蛊惑，意图废长立幼，动摇国本。于是，户科给事中姜应麟、吏部员外郎沈璟等人纷纷上疏，言辞激烈地强调“立嫡以长”的原则，请求皇帝尽快册立东宫。
皇帝的回应是粗暴而愤怒的。他将姜应麟贬为大同广昌典史，沈璟降职外调。他想用雷霆手段压制住这些“多事”的言官。然而，他低估了文官集团在维护礼法名分上的决心。皇帝的惩罚非但没有吓退朝臣，反而激起了更强烈的反弹。更多的官员，包括各部堂官、科道言官，乃至地方督抚，都卷入了这场立储之争。奏疏如雪片般飞向御前，内容无一不是敦促册立皇长子。
这场争论，表面上是关于储君人选的礼仪之争，实质上却是一场皇权与文官集团之间的激烈博弈。万历皇帝试图行使他作为天子册立储君的绝对权力，甚至挑战在他看来僵化不合