交州刺史杜慧度，发兵至龙编津，截住卢循的去路。
卢循之众尚有三千人，舟约数十艘，被慧度掷炬纵火，毁去卢循的船只，岸上又飞矢如雨，无隙可钻。
卢循势力丧败，知道不能免死，先把妻子儿女十余人毒死，又召集妓妾问道：“我要自杀，谁愿意跟我一起死？”
多数人说：“麻雀老鼠还贪生，去死实在是人情所难。”
有的则说：“官家还准备死呢，我岂能想活着！”于是把那些不愿随死的人全部毒杀，便投水自尽。杜慧度捞出卢循的尸体斩首，连同他的父亲卢嘏一同处死。同党全部擒获，把首级传送到京都。南方逆党，至此才平。了结卢循、徐道覆。
会荆州刺史刘道规，因病求代，晋廷遣刘毅往镇荆州，调道规为豫州刺史。刘道规在荆州数年，秋毫无犯，惠及人民。
刘道规牧守荆州七年，任内管治有道，政法清明，深受荆州士民的敬畏、拥戴。及调任豫州，没多久即而殁世，荆州百姓听闻讣告，深感悲痛，相率流涕。有善必录。
刘毅自豫州败后，与刘裕同朝相处，外似逊顺，内益猜疑。
刘裕出身行伍，不擅长文学创作，而刘毅具有文学才能，常在宴会上赋诗展示才华。所以刘毅因文学能力获得文臣支持，朝右词臣喜欢与刘毅相结纳。仆射谢混，丹阳尹郗僧施，往来尤为密切。及刘毅出镇荆州，多为反对刘道规旧政，檄调豫州文武旧吏，隶置麾下。且求兼督交广，请任郗僧施为南蛮校尉，毛修之为南郡太守。
刘毅刚猛沉勇果敢，然而凶狠固执喜欢独断专行，与刘裕协同合作完成恢复大业，而功居其次，但却常自居功自夸，不愿推崇佩服刘裕。
做了一方诸侯后，常怏怏不得志,刘裕每每以宽柔随顺他。刘毅因此骄纵跋扈越加严重，每次读史书，读至蔺相如屈让廉颇处，便大为感叹，认为将相和的故事是不可能。曾说过：“恨不能生在刘邦、项羽之世，与他们争夺天下。”又对郗僧施说：“从前刘备之有孔明，犹如鱼之有水。今天我与足下虽然才能不及古代圣贤,但事同此言。”
众人都厌恶他为人傲慢不逊。及至桑落洲惨败，刘毅深知人情不归向自己，内心更加愤激不满。当初，刘裕征讨卢循，凯旋而归，晋安帝司马德宗在西池设宴慰劳刘裕，诏令群臣赋诗颂扬。
刘毅赋诗道：“六国多雄士，正始出风流。”他这是自知军事武功不及刘裕，便故意显示自己文雅有余。后来在宰相府里聚众樗蒲赌博，一次判定输赢可达数百万钱，其余人都只掷出黑犊就退下阵去，惟有刘裕及刘毅仍在场上较量。刘毅依次掷出白雉，大喜，提起衣服绕过胡床，叫着对同座说：“ 不是不能掷得卢，不想如此罢了。”
刘裕讨厌他的轻薄，便两手抓起五枚色子揉搓了好久，说：“老兄尝试为你作答。”一会儿四枚色子都以黑面呈现，另一枚色子跳转不定，刘裕厉声吆喝，五枚色子俱黑成卢。刘毅心中十分不快，但向来皮黑，其面如铁色，而竟勉强自己和言对刘裕道:“ 我本知道明公不会就此相让!”出镇西藩后，虽然占据上流，享有统辖荆州大权，但朝内所有职权顿时失却，于是又颇为忌恨不满，因此打算扩充自己势力，伺机打垮刘裕，终于招致失败。
当初，江州刺史庾悦，隆安年间为司徒长史，曾到过京口。刘毅当时十分穷困贫寒，到庾悦府上借用东堂与亲友习射其中。而庾悦后来与同僚佐吏径直来到东堂，刘毅告诉他说:“刘毅困顿之人，会集一处习射游戏非常艰难。足下到其他堂房都行，希望今日务必将东堂让我借用。”庾悦不答应。习射者都走散离去，只有刘毅停留不走习射如故。以后庾悦吃鹅，刘毅请求得到未吃完之鹅,庾悦又不予理睬，刘毅因此常常怨恨，怀恨在心。义熙年间