桓冲应命而出。桓温有六个儿子，长子桓熙，次名桓济，又次为韵、祎、伟、玄。桓熙闻桓冲面受桓温遗命，将统遗众，心中很是不服。遂与弟桓济阴谋诸叔秘，意欲杀桓冲。
桓冲诇悉阴谋，不敢复入，嗣由桓熙等人报桓温死耗，召桓冲临丧，桓冲即派遣力士直接进入丧次，拘那住桓熙、桓济，且秘密逐他们出外，然后举哀。
已而上奏迁徙桓熙和桓济至长沙，罢黜秘官，且称桓温遗命，以少子桓玄为嗣。晋朝廷追赠丞相，赐赙衮冕，予谥宣武，此外丧葬礼仪，一依汉大将军霍光及晋太宰安平献王孚故事，即命桓玄袭封南郡公。
桓玄此时年才五岁，桓冲总道以为他幼小软弱容易控制，可无后忧，哪知他长成后，比其父还要凶险呢？暗伏下文。
相传桓玄为桓温庶子，生母马氏，夜坐月下，见有流星坠盆水中，用瓢掬吞，因得有娠。及生桓玄时，有光照室，家人诧为神奇，于是取一小名，叫作灵宝。
乳母每次抱桓玄去看桓温时，经过重门，必易人乃至，说是沈重异常，故桓温甚加宠爱。桓冲立桓玄为嗣，或果承桓温遗命，亦未可知，这且待后慢表。
且说桓温既死，朝廷有诏进桓冲为中军将军，都督扬雍江三州军事，兼扬豫二州刺史，使镇姑孰。加右将军荆州刺史桓豁，为征西将军，都督荆扬广三州军事。
桓豁子竟陵太守桓石秀，为宁远将军，兼江州刺史，使镇寻阳。或劝桓冲入诛王、谢，专执朝权，桓冲将他叱退。
桓冲力反桓温之政，一切生杀予夺，皆先时奏闻，然后施行，晋廷上下，始得解忧。
谢安尚恐桓冲干政，拟请褚太后临朝。褚太后为康帝之后，康帝乃是晋元帝之孙，与孝武帝本为叔嫂，从前简文帝入嗣，比褚太后辈分较长，但因她既为太后，不得以家人礼相待，故仍称为太后，且因她居住崇德宫，特尊为崇德太后。至是由谢安倡议，再请训政，群僚皆无异词，独尚书仆射王彪之抗议道：“前代人主，幼在襁褓，母子一体，故可请太后临朝，但太后亦未能专断，仍须顾问大臣。今主上年逾十岁，将及冠婚，反令从嫂临朝，表示人君幼弱，这难道好光扬圣德么？”建议固然甚是。从，竟率百官奏表太后，大略说是：
王室多故，祸难仍臻，国忧始周，复丧元辅，天下惘然，若无攸济，主上虽圣明天亶，而春秋尚富，兼在谅闇，蒸蒸之思，未遑庶事。伏维太后陛下，德应坤厚，宣慈圣善，遭家多艰，临朝亲览，光大之美，化洽在昔，讴歌流咏，播益无外，虽有莘熙殷，任姒隆周，未足以喻。是以五谋克从，人鬼同心，仰望来苏，悬心日月。夫随时之义，《周易》所尚，宁固社稷，大人之任，伏愿陛下，抚综万几，厘和政道，以慰祖宗，以安兆庶，不胜喁喁待命之至！
王室不幸，仍有艰屯，览省启事，感增悲叹，内外诸君，并以主上春秋冲富，加以蒸蒸之慕，未能亲览，号令宜有所由。苟可安社稷，利天下，亦未便有所固执。当敬从所启，但暗昧之阙，自知难免，望尽弼谐之道，献可替否，则国家有攸赖焉。
这诏书既下，次日便即临朝。进王坦之为尚书令，谢安为仆射，两人同心辅政，终安晋室。
越年令王坦之出督徐兖等州军事，但命谢安总掌中书。谢安好声律，虽遇期功丧服，不废丝竹，士大夫相率仿效，濅成风俗。
王坦之曾经写书信苦谏，谢安不能用。这是谢安的短处。谢安又曾经与王羲之登冶城，慨然遐想，有出世志，王羲之独规诫道：“夏禹勤王，手足胼胝，文王旰食，日不暇给。今四郊多垒，宜思自效，若虚谈废务，浮文妨要，恐非当世所宜为呢。”
谢安笑答道：“秦用商鞅，二世即亡，岂必是清谈贻祸么？”未几，王坦之病殁，留有遗书，分别交给谢安和桓冲，语不及私，但以国家为忧。
晋朝廷追赠王坦之为安北将军