程即使不停工，也不可能按部就班地施工下去了。
当时，秦二世胡亥正与宫女宴饮作乐，看见李斯、冯去疾等人的上书十分恼怒， 下令要将他们逮捕入狱。
右丞相冯去疾和将军冯劫为了避免在监狱中受辱，选择了自尽。
赵高设计使秦二世胡亥对丞相李斯不满，然后又找机会向秦二世胡亥诬陷了李斯三个罪名：一是李斯原来参与了拥立胡亥即位，但后来总抱怨自己不受重用，想和胡亥分土做王。二是李斯的儿子李由做三川郡守，而陈胜作乱经过三川郡时，李由却不积极镇压，因为他和陈胜是邻县的同乡。 听说李斯和陈胜他们也通过讯息。三是李斯作为丞相，权力过大，超过了皇帝，但还不满足，似乎有异心。
秦二世胡亥听了赵高的话，想抓李斯，但又没有真凭实据，就先派人监视丞相李斯。 李斯听到消息，就上书揭发赵高的劣迹。秦二世胡亥却不肯相信，反而将书信给了赵高看。
赵高知道和李斯是你死我活的斗争，就进一步地罗织罪名诬陷李斯。胡亥将李斯抓捕，交给赵高负责审理。
赵高自然不肯放过这个难得的机会，对李斯用尽了酷刑，逼李斯认罪。李斯无法忍受酷刑折磨，只得屈打成招。赵高拿着李斯的供词上报胡亥。
最后，李斯在公元前208年，即胡亥即位的第二年，被处以极刑：先是黥面（即在脸上刺字，是秦朝的一种侮辱刑），然后劓（即割鼻子，也是秦的一种酷刑），砍断左右趾（即砍掉左右脚），又腰斩（拦腰斩断），最后是醢（音海，即是剁成肉酱），这在当时是最为残忍的一种处死方式，叫做“具五刑”，即是使用五种刑罚将其处死。
李斯有这样的下场也是自作自受，想当初秦始皇三十四年（前213年），淳于越以儒家的立场来看待秦朝的政治，同秦始皇的思想和行动是格格不入的，使得秦始皇大为不满，把淳于越交给丞相李斯处理。李斯不赞同淳于越的看法，他向秦始皇阐述了自己的观点。
李斯认为：由于时代的变化，五帝三代的治国办法也不同。三代时期的做法，也并不值得效仿。那时候诸侯并列，互相争夺，天下统一，情况完全不同，不必效仿古代。以古非今，搅乱民心。对于造谣惑众，不利于统一天下的言行必须禁止，否则将会影响政局的稳定，有损于皇帝的权威。最后，他又把这一切都归罪为读书的缘故，建议秦始皇下令焚书。
凡是秦记以外的史书，不是博士（指掌管古今文史典籍的官）所藏的诗、书、百家语都要烧掉，只准留下医药、卜筮、种树之书。 秦始皇下令焚书，先秦许多文献古籍都被烧掉了，使中国文化遭到了巨大的损失。然而，另一方面秦始皇也曾将一些禁书收藏在咸阳皇家图书馆，使得部分珍贵书籍得以保存了下来。只是后来项羽攻破秦宫，焚毁秦宫，所珍之书物，皆没也，此为后来之事情。
李斯在秦始皇死后，勾结赵高辅助胡亥上位为秦二世，间接害死扶苏和蒙恬以及秦始皇之子女，自己落得如此下场也是罪有应得。
丞相李斯死后，赵高为了达到自己彻底专权的目的，对胡亥说了一大通很有“道理”的话，大意就是说胡亥年轻，经验不足，而且皇帝也应该少和大臣们见面，以免在大臣们面前暴露自己的弱点。 如果能居住深宫中听取赵高他们的汇报，有他们这些“栋梁之才”来辅佐，那国家会治理得更好。
秦二世胡亥一听有道理，而且他也愿意呆在后宫中享乐，从此，朝中大小政事都由赵高一人来独断专行，并且升赵高为丞相。
丞相赵高虽然大权在握，但他也害怕大臣们联合起来反对他，为了试验大臣对他的真实态度，赵高精心策划了一起在此后历史上遗臭万年的政治事件：指鹿为马。
在一次朝会上，赵高弄来一只鹿作为礼物献给胡亥，对秦二世胡亥说这是一匹好马。秦二世胡亥