日本修好，贡上三坟五典而寻求仙药，然而不得仙药，只等定居下来。在《富士文书》中则提到徐福来到日本，协助当地农民耕种，带来一些新的技术。到达日本后，徐福再没有返回中国，而且没有得到长生不老药，担心秦始皇追杀，要求同行男女各自改姓成为“秦”、“佃”、“福田”、“羽田”、“福台”、“福山”等姓氏。巧合的是，连云港市现有云台山脉，姓氏都与山有奇特渊源。日本和歌山县新宫市都还有姓秦的日本人，有些家门口楼上还仍然刻着“秦”字。
《太平广记》里记载，秦始皇时，西域大宛国有很多冤屈死的人横陈在野外道旁。有些鸟衔来一种草盖在死人脸上，死者就立刻复活了。官府把这件事奏报给秦始皇，秦始皇就派人带着那种草到北城请教鬼谷子。
鬼谷子说那草是祖洲的不死草，长在琼玉的田地里，叶子像菰米，不成丛地生长，一株不死草就能救活上千人，始皇听后认为这种不死草一定可以找得到。
就派徐福带着童男童女各三千人，乘着楼船出海去找祖洲。然而徐福出海后一去不回，也不知去了什么地方。
后来沈羲得道成仙时，道家始祖黄帝和老子派徐福为使者来接沈羲升天。徐福当时是乘白虎车、度世君司马生乘龙车、侍郎薄延之乘白鹿车，他们一起到人间来接沈羲。从此人们才知道徐福已经得道成仙了。