余如孙明显就是有生子当如孙仲谋这样的野心。余如孙没办法，只好改名余师忠。宋理宗遂削去余玠资政殿学士等一切官职，并迫害其家属和亲信。
余玠的亲将王惟忠抗击蒙军，在阆州失守，被当地的奸臣余晦、丁大全等人诬告作“潜通蒙古”。王惟忠于是被削了官职，没收了财产，下了大理狱，全家老小被押至临安。王惟忠被安罪名，问斩，尸体被弃于街市。
大宋朝廷为了掩盖冤杀余玠的事实，继续诋毁余玠，而余玠的部属是敢怒不敢言。
余玠之死，对宋朝廷造成严重后果。四川战局逆转，宋军防线日渐恶化，将士寒心，士气低落。
自此以后南宋加快了灭亡的脚步。