仪式一结束，早已准备就绪的郑家军队立刻“护送”着已成为“太上皇”的朱由崧、马士英、阮大铖等全部南朝核心人物和他们的家眷，迅速离开杭州城，登上了停泊在钱塘江口的郑家舰队。庞大的船队扬起风帆，向南驶去，目的地——福建福州。
左梦庚被郑芝龙的精锐死死钉在余杭，寸步难进，只能眼睁睁看着南朝君臣在自己的眼皮底下登船南逃，功亏一篑。
郑芝龙则成功实现了他的战略目标：将南朝朝廷的核心人物和法统象征新旧两位皇帝牢牢控制在自己手中，迁往他的老巢福建。
从此，他不再是割据一方的军阀，而是“拥立新君”、“奉天讨逆”的“护国重臣”，政治资本和谈判筹码大大增加。
而北朝方面，虽然顺利收复了南京、杭州等重镇，控制了苏南、浙北大片富庶之地，但最终未能擒获南朝核心人物，使其南逃并与郑芝龙势力合流，在福建建立了新的抵抗政权。
意味着统一战争尚未结束，接下来的主战场，将从长江流域转向东南沿海。吴三凤、刘庆等人需要重新评估郑芝龙的实力和意图，制定新的平南方略。
东南战局，由此进入了一个新的阶段：北朝占据绝对实力和正统优势，控制江南财赋之地；南朝的隆武政权退守福建，依仗郑芝龙的海上力量，苟延残喘，伺机而动；郑芝龙，则成为了左右局势的关键变量，手握两张“皇帝”王牌，周旋于南北之间，待价而沽。
当南方隆武朝廷册封郑芝龙为“平虏侯”的消息传至北京，并在朝会上被宣读时，原本因江南大捷而气氛热烈的皇极殿，瞬间炸开了锅。
“狂妄！无耻之尤！”
“郑芝龙一介海寇，安敢窃取侯爵！竟敢也号‘平虏’？”
“这‘虏’字意指为何？其心可诛！这是将我等、将陛下、将侯爷置于何地！”
“逆臣贼子，僭越称尊，如今竟敢指鹿为马，辱我朝廷！侯爷，此等奇耻大辱，断不可忍！”