三宗丹会前夕，青云宗百草园彻夜灯火通明。刘镇南在丹房淬炼本命丹炉时，窗外忽然飘入三片血色莲花瓣。月清瑶以弱水镜追踪来源，发现外门弟子居所有魔气残留。枫儿伪装成送药童子暗中查探，竟目睹执法长老与血莲宗使者密谈。
危急时刻，怀中珍藏的龙鳞丹自动飞起。丹药化形为迷你炎龙吞噬毒蛊，毒火反被炼成碧色丹液。南福至心灵，取园中百草投入鼎中，竟炼出失传的\"万毒辟易丹\"。一名黑袍老者捏碎座椅扶手：\"此子竟能化毒为宝！
第二关需在万毒沼泽采药。南刚踏入沼泽，地面突然塌陷。无数毒藤缠住他的双脚，腐骨毒蚁如黑潮涌来。出手相救，却被裁判长老拦住：\"此乃心性试炼，外人不得干预！
南放弃挣扎，闭目运转青帝长生诀。周身散发出的草木亲和之力，竟让毒藤开出净化之花。毒蚁衔来稀有药草放在他身前，沼泽深处浮现上古药灵虚影：\"千年矣，终遇通草木心者。
端坐主位的青云宗主拂尘轻扫，灭魂针倒飞而回。执法长老暴起发难，却被南炼制的丹药化作囚笼困住。血莲宗竟渗透至此。抬手打向观众席，三名伪装者现出原形。
颁奖时南拒绝天阶功法，只求开放藏经阁丹道区。他在古籍中发现《青帝丹经》残页，与怀中残卷完美契合。月光下丹经化作流光没入眉心，紫府中浮现完整的青帝炼丹传承。
当南触碰藏经阁最深处的药王鼎时，鼎身浮现青帝虚影。虚影一指点燃心火，鼎中飞出九转金丹没入南的丹田。此时后山禁地传来轰鸣，被镇压的混沌天魔竟开始冲击封印。
七位丹堂宿老连夜开启传承秘境，将南送入青帝悟道之地。他在秘境中见到历代丹道宗师的残魂，共同推演《鸿蒙丹诀》。第三日黎明，南出关时发梢已结满丹霜，眼中流转着千年丹道智慧。
正当宗门欢庆时，血莲宗联合魔道突袭。之术迎战，丹药化作千军万马。混战中他为救枫儿硬接元婴修士一击，胸口浮现的青帝印记却将攻击转化为精纯灵气。
重伤的南在月清瑶守护下，于战场中心结丹。雷劫与魔气交织成混沌漩涡，他却以丹为引炼化天劫。成丹时霞光驱散魔云，战场盛开净化金莲，众魔修修为尽废。
清扫战场时南发现血莲宗主的令牌，背面刻着与青帝印记相似的纹路。原来血莲宗本是青帝一脉的叛徒！天际降下功德金光，南的混沌灵根终于觉醒。