总部暂时设在铁之国——利用其永久中立国的地位，避免被任何一个忍村掌控；同时在各大国设立分部，其中负责能量研究和技术开发的“星核”分部，因为木叶科研部的技术优势，被设在了木叶。
人员构成的争论同样激烈。各国都希望派遣更多的精锐进入机构，以掌握更多的话语权。最终商定，初期人员规模控制在百人以内，五大国各派遣二十人，人员必须经过严格筛选，既要具备强大的实力，也要有良好的协作能力；为了避免机构被某一国掌控，首任“星影”暂不设正式职位，只设代理负责人，由五影共同提名一位中立人物担任——铁之国的三船大将因为其威望和中立身份，成为了最热门的人选。
指挥权限和资源共享则是争论的核心。经过多轮磋商，最终确定：“星影”机构直接对五影联席会议负责，拥有跨国调查、应急处理的权限，但涉及大规模行动（如调动超过五十人的力量、进入某国领土执行任务），必须经过五影批准；资源共享方面，各国需公开部分非核心的忍术和研究成果