气氛前所未有的紧张。罗斯福总统面色凝重地坐在轮椅上，他的面前坐着陆军参谋长乔治·马歇尔将军、曼哈顿工程军方负责人莱斯利·格罗夫斯上校、西部财团代表特纳·史密斯和杜邦公司总裁皮埃尔·杜邦，以及几位核心内阁成员。桌上摊着一份由橡树岭和洛斯阿拉莫斯实验室上百名顶尖科学家联名签署的抗议信，信中措辞激烈，威胁若不停止对奥本海默的“非法监视”并保障学术自由，他们将集体罢工。
“先生们，”罗斯福的声音带着疲惫和一丝罕见的懊恼，“我们遇到了大麻烦。我们最宝贵的资产——那些从欧洲逃离纳粹迫害、为我们研制‘终极武器’的头脑们——现在要造反了。原因是我们自己人的愚蠢行动！胡佛局长对奥本海默博士的秘密调查，被他们视为对美国核心价值观——自由与平等的背叛。他们将其与盖世太保相提并论！罢工的威胁是真实的，项目一旦停滞，损失将不可估量！”
罗斯福深深地吸了一口气，特纳的话击中了他的要害。他意识到，这次事件不仅仅是管理失误，更是严重的政治和信任危机。他缓缓说道：“我明白了…这是我的失误。我们对安全问题的处理方式过于粗暴，伤害了这些宝贵人才的信任。这个错误，我必须承认。”
他转向格罗夫斯上校，果断下达指令：“格罗夫斯上校，请你立刻亲自飞往洛斯阿拉莫斯，以我的名义，向奥本海默博士和全体科研团队做出最正式、最明确的保证：第一，联邦调查局对奥本海默博士的所有秘密调查立即无条件终止！第二，我以总统的信誉担保，曼哈顿工程将绝对尊重每一位科学家的学术自由和个人隐私，安全审查将严格遵循法律程序，绝不会再出现类似的无端猜疑和秘密监控！告诉他们，美国依然是，也永远会是他们可以安心工作的自由国度！”
“是，总统先生！”格罗夫斯立正领命，他深知此行责任重大。
罗斯福点了点头，对马歇尔的意见表示同意：“乔治，你说得对。浪费资源、动摇军心，这是不可接受的。我会亲自召见胡佛局长，明确指出他的错误。国家安全不等于疑神疑鬼，更不等于可以肆意践踏法律和信任。曼哈顿工程的安保工作，必须由格罗夫斯上校的统一领导下，与联邦调查局进行更明确、更理性的分工协作。胡佛的人，只负责对外围情报的收集和分析，绝不允许再直接触碰核心科学家！”
会议结束后，格罗夫斯立即动身前往洛斯阿拉莫斯。他面对群情激愤的科学家们，坦诚地传达了总统的歉意和保证。奥本海默在得知调查停止、并且总统亲自出面担保后，情绪逐渐平复。科学家们看到最高层的诚意，也暂时收回了罢工的威胁，但一双双眼睛将继续警惕地注视着任何可能的风吹草动。
而在胡佛的办公室里，他接到了总统措辞严厉的电话。他阴沉着脸听完训斥，心中充满了屈辱和愤怒，但他明白，这次他触碰了不可动摇的红线。他不得不暂时收敛，将曼哈顿工程的调查权限拱手让给格罗夫斯，并将更多精力转向其他“更安全”的目标。然而，他对奥本海默和这些“不听话”的科学家的怀疑和敌意，却更深地埋藏在了心底。
这场风波，以罗斯福政府的退让和道歉告终。它深刻地提醒了美国的高层：在争夺世界最顶尖人才的战争中，除了提供优厚的物质条件，维护一个开放、自由、可信赖的环境，同样是至关重要的战略资源。对科学家的尊重与信任，是驱动曼哈顿工程这艘巨轮前行的、比铀矿石更加珍贵的燃料。
新墨西哥州，洛斯阿拉莫斯实验室临时指挥部
一间简陋但挤满了人的木屋里，气氛凝重而压抑。来自橡树岭和洛斯阿拉莫斯的主要科学家代表——恩里科·费米、利奥·西拉德、理查德·费曼等人都聚集在此，他们脸上带着愤怒、焦虑和一丝决绝，等待着格罗夫斯上校的到来，准备进行最后的摊牌。