北京，光绪皇帝气得发抖，赶紧任命冯子材为广西关外军务帮办，让他率领清军收复镇南关，同时下令让刘永福率领黑旗军配合冯子材作战。
刘永福接到命令后，立刻率领黑旗军赶往镇南关。冯子材见刘永福来了，特别高兴，他知道刘永福打仗勇猛，就跟刘永福商量：“刘将军，法军装备精良，咱们得联手才能打败他们。我负责正面防守，你率领黑旗军从侧面袭击法军，怎么样？”刘永福一口答应：“冯大人放心，我保证把法军的侧面搅得天翻地覆！”
战斗打响后，法军集中兵力攻打镇南关的正面防线，冯子材率领清军拼死抵抗，双方打得难解难分。就在这时候，刘永福率领黑旗军，从法军的侧面发起了猛攻。黑旗军的士兵们像猛虎下山一样，冲进法军阵中，砍死砍伤了很多法军士兵。法军没想到会遭到侧面袭击，一下子就乱了阵脚。冯子材见机，率领清军从正面发起反攻，法军腹背受敌，只能狼狈逃窜。
这一战，清军和黑旗军打死法军一千多人，缴获了大量的武器装备，成功收复了镇南关。这就是历史上着名的“镇南关大捷”——这一战，不仅沉重打击了法国侵略者的嚣张气焰，还导致法国国内的内阁倒台。冯子材传》里记载：“永福率黑旗军助战，大败法军，复镇南关，斩馘甚众。”刘永福在这一战中，再次立下了赫赫战功。
镇南关大捷后，中法战争以清朝“不败而败”告终——清廷跟法国签订了不平等条约，承认法国对越南的占领。刘永福心里特别憋屈，他跟兄弟们说：“咱们拼死拼活打胜仗，清廷却跟法国人求和，这叫什么事！”可他没办法，只能服从清廷的命令，率领黑旗军回到广东。
本以为能安稳几年，可没想到，更大的危机又来了。公元1894年，甲午中日战争爆发，清军节节败退，北洋水师全军覆没。公元1895年，清廷跟日本签订了《马关条约》，把台湾和澎湖列岛割让给日本。消息传到台湾，台湾的老百姓愤怒不已，他们纷纷表示：“我们宁死也不做亡国奴！”台湾的官员也联名向清廷上书，请求清廷收回成命，可清廷根本不理会。
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就在台湾老百姓绝望的时候，有人想到了刘永福——他们知道刘永福是抗法英雄，肯定愿意来台湾抗日。台湾的官员赶紧派人去广东，请求刘永福来台湾主持抗日大局。刘永福当时已经五十八岁了，头发都白了，可他听到台湾老百姓的请求后，还是毫不犹豫地答应了：“台湾是中国的土地，我不能看着台湾被日本人占领！就算清廷不管，我也要带着兄弟们去台湾，跟日本人拼到底！”
公元1895年五月，刘永福率领黑旗军，乘坐战船来到台湾。台湾的老百姓见刘永福来了，都高兴得不得了，纷纷带着粮食和武器来投奔他，有的甚至把自己的儿子送到黑旗军里当兵。刘永福在台湾成立了“台湾民主国”，自任“大总统”（其实是为了团结台湾的抗日力量，并不是真的想独立），还发表了《抗日檄文》，说：“台湾者，中国之台湾也，我辈台湾军民，誓与台湾共存亡，绝不屈服于日本！”刘永福传》）
很快，日军就开始进攻台湾。日军的兵力有三万多人，装备精良，还有军舰和大炮；而刘永福的黑旗军加上台湾的义军，只有一万多人，武器也很落后，很多士兵手里只有大刀和土枪。可刘永福一点都不怕，他跟士兵们说：“日本人有洋枪洋炮，咱们有不怕死的精神！只要咱们团结一心，就一定能打败日本人！”
战斗打响后，刘永福率领黑旗军，在台湾的彰化、嘉义等地跟日军展开了激烈的战斗。在彰化之战中，黑旗军的将领吴汤兴、徐骧等壮烈牺牲，黑旗军伤亡惨重，可刘永福还是坚持指挥战斗，直到把日军赶出彰化。在嘉义之战中，刘永福想出了一个“地雷战”的计策——他让士兵们在嘉