领起义军纵横天下。公元1635年，高迎祥在荥阳召开了“荥阳大会”——这是明末农民起义军的一次重要会议，参加会议的有高迎祥、张献忠、李自成等十三家起义军首领。会议上，大家讨论了如何应对明军的“围剿”。有的首领主张各自为战，有的首领主张投降明军。就在大家争论不休的时候，高迎祥站了出来，说：“咱们不能各自为战，更不能投降！只有团结起来，才能打败明军！”
他还提出了“分兵定向”的策略——把起义军分成几路，分别向不同的方向进军，这样既能扩大起义的范围，又能分散明军的兵力。大家都觉得高迎祥的主意好，纷纷表示同意。在这次会议上，高迎祥被推举为“盟主”，统一指挥十三家起义军。
荥阳大会后，高迎祥率领主力部队，向明朝的中都凤阳进军。凤阳是朱元璋的老家，明朝的皇陵就在这里，朝廷派了重兵把守。高迎祥知道，攻打凤阳难度很大，但他也知道，一旦打下凤阳，就能极大地打击明朝的士气。
为了攻打凤阳，高迎祥做了充分的准备。他先是派人去凤阳侦查，摸清了明军的布防；然后又挑选了一批精锐的士兵，伪装成明军的士兵，混入了凤阳城中。公元1635年正月十五，高迎祥率领起义军，对凤阳发起了突然进攻。城中的内应也趁机作乱，打开了城门。起义军很快就占领了凤阳，烧毁了明朝的皇陵和龙兴寺。
攻打凤阳，是高迎祥起义生涯的巅峰。流贼传》里记载：“迎祥陷凤阳，焚皇陵，朝野震动。”意思是说，高迎祥攻占了凤阳，烧毁了皇陵，明朝的朝廷和民间都非常震惊。崇祯皇帝得知消息后，痛哭流涕，穿着丧服在朝堂上祭拜祖先，还下了“罪己诏”，承认自己的过错。
攻占凤阳后，高迎祥的威望达到了顶峰，可他的麻烦也来了。首先，起义军内部出现了矛盾——张献忠觉得高迎祥太出风头，不愿意再受他指挥，率领自己的队伍离开了高迎祥；李自成虽然还跟着高迎祥，但也有了自己的想法，开始暗中发展自己的势力。其次，明朝加大了对起义军的镇压力度——崇祯皇帝任命洪承畴为三边总督，孙传庭为陕西巡抚，让他们联手镇压高迎祥的起义军。
洪承畴和孙传庭，都是明朝末年最有军事才能的将领。洪承畴擅长统筹全局，孙传庭擅长指挥作战，两人配合默契，很快就对高迎祥的起义军形成了包围之势。高迎祥率领起义军，在河南、湖北一带跟明军打了几仗，都没能摆脱明军的追击，兵力也损失了不少。
公元1636年，高迎祥决定率领起义军返回陕西。他觉得，陕西是自己的老家，老百姓支持自己，而且地形复杂，有利于跟明军打游击。可他没想到，洪承畴和孙传庭早就料到了他的想法，在他返回陕西的必经之路——潼关，设下了埋伏。
潼关是陕西的东大门，地势险要，易守难攻，素有“一夫当关，万夫莫开”之称。孙传庭在潼关的南原一带，布置了三道防线：第一道防线是步兵，负责引诱起义军进入埋伏圈；第二道防线是骑兵，负责切断起义军的退路；第三道防线是火炮，负责对起义军发起猛烈攻击。
高迎祥率领起义军来到潼关后，并没有察觉到明军的埋伏。他见明军的兵力不多，以为可以轻松突破潼关，就下令起义军发起进攻。起义军刚冲进明军的第一道防线，就听到一声炮响，明军的骑兵从两侧杀了出来，火炮也开始对起义军发起攻击。起义军顿时乱了阵脚，士兵们四处逃窜。
高迎祥知道自己中了埋伏，想要率领精锐部队突围，可明军的包围圈越来越小。孙传庭亲自在阵前指挥，明军士气大振，对起义军发起了猛攻。战斗从早上一直打到晚上，起义军伤亡惨重，尸横遍野。高迎祥的坐骑也被明军的火炮打死了，他只能徒步作战，最后因为寡不敌众，被明军俘虏了。
潼关之战，高迎祥的起义军几乎全军覆没，他本人也成了