火爆，说话还不留情面。有次朝堂议事，张居正提议“整顿吏治”，高拱当场就反驳：“你才当几天首辅？就敢随便改祖宗的规矩？要是出了乱子，你担得起责任吗？”还有一次，高拱在背后跟人说：“一个十岁的孩子，懂什么朝政？还不是靠李贵妃和张居正摆弄？”这话很快就传到了李贵妃耳朵里。
李贵妃听了，气得浑身发抖。她知道，高拱这是在质疑万历的皇位合法性，要是不收拾他，以后肯定会有更多人效仿，万历的江山就不稳了。可高拱是老臣，手里还有不少支持者，不能硬来。李贵妃就找张居正和冯宝商量，想了个“借刀杀人”的办法。
冯宝先出手了。他知道高拱在宫里安插了不少眼线，就故意放出风声，说“高拱想废掉万历，立其他宗室子弟当皇帝”。这话一传开，宫里的太监、宫女都慌了，纷纷跑到李贵妃面前告状。李贵妃趁机把万历抱在怀里，在朝堂上哭着说：“先帝刚走，高拱就想害我们母子，这是要逼死我们啊！”
万历虽然才十岁，可也知道“废帝”是大罪，吓得直哭。大臣们一看太后和皇帝都哭了，纷纷指责高拱“大逆不道”。张居正也站出来，递上一份奏折，列举了高拱的“十大罪状”，说“高拱专权跋扈，蔑视皇权，要是不罢免他，大明就会有危险”。
高拱本来还想辩解，可看到满朝大臣都反对他，李贵妃又抱着万历哭个不停，知道自己大势已去。当天，李贵妃就下了一道圣旨，把高拱贬为庶民，让他立刻回老家。高拱临走的时候，连皇宫都没敢再进，灰溜溜地收拾行李，从北京的侧门走了。
这场“李贵妃斗高拱”的风波，看似是后宫与朝臣的争斗，其实是为万历扫清了亲政前的最大障碍。经此一役，张居正彻底巩固了内阁首辅的地位，冯宝也成了宫里最有权势的太监，而李贵妃则用她的“雷霆手段”，让所有人都知道：虽然皇帝年纪小，但她这个太后，不好惹。
张居正搞定高拱后，终于能放开手脚搞改革了。他知道，大明已经病了很久：国库空虚，每年的收入不够支出；土地兼并严重，老百姓没地种，只能当流民；军队战斗力差，蒙古人、倭寇时不时来骚扰；官员贪污腐败，办事效率极低。要是不改革，大明撑不了多久。
张居正的改革，主要抓了三件事：“一条鞭法”“考成法”和“整顿边防”。
先说说“一条鞭法”。以前明朝收税，又收粮食，又收布匹，还让老百姓服劳役，特别麻烦，而且地方官还能趁机贪污——比如把粮食换成银子，从中克扣差价。张居正就把所有的赋税和劳役，都折算成银子，让老百姓直接交银子，这就是“一条鞭法”。食货志》里说“一条鞭法者，总括一州县之赋役，量地计丁，丁粮毕输于官”，意思就是把一个州县的赋税劳役合在一起，按土地和人口算，统一交银子给官府。
这个改革，对老百姓来说是好事——不用再扛着粮食、拖着布匹去交税，也不用担心被地方官坑；对官府来说也方便——收银子比收实物省事，还能减少贪污。实行“一条鞭法”后，大明的国库收入明显增加，从隆庆末年的两百万两银子，涨到了万历初年的四百万两，老百姓的负担也减轻了不少。有个叫徐光启的大臣，在他的着作里写：“一条鞭法行，而民始得安其居，乐其业。”
再说说“考成法”。以前明朝的官员，只要不犯大错，就能混日子，不管办事效率高不高。张居正就制定了一套考核制度：给每个官员定“kpi”，比如知府要收多少税、要抓多少盗贼、要修多少水利，要是完不成，就降职；要是超额完成，就升官。而且还实行“层层监督”——内阁监督六部，六部监督地方官，地方官监督县令，谁要是敢敷衍，就一查到底。
有个叫王宗沐的漕运总督，负责把南方的粮食运到北京，结果他办事拖沓，粮食晚到了一个月。张居正直接把他降为知州，还通报