朝政就交给了皇后卜鲁罕和几个亲信大臣打理。卜鲁罕皇后是个权力欲极强的女人，她趁机安插自己的人，排除异己，把朝廷搞得乌烟瘴气。有个叫阿忽台的大臣，靠拍皇后的马屁当上了丞相，他上任后第一件事就是贪污受贿，把官员的任免权当成“生意”做——想当官？行，拿银子来。这一下，铁穆耳前期好不容易整顿好的“职场风气”，又回到了原点。
最要命的是“继承人问题”，铁穆耳一辈子就一个儿子，叫德寿太子，本来是妥妥的皇位继承人，结果在1305年突然病死了。老年丧子的铁穆耳深受打击，从此更没心思管朝政了，也没再立继承人。1307年，铁穆耳在大都去世，享年42岁。他一死，元朝马上就陷入了“皇位争夺战”——皇后卜鲁罕想立自己的侄子，而海山、爱育黎拔力八达兄弟则在大臣的支持下发动政变，杀了卜鲁罕和阿忽台，最后海山当上了皇帝，也就是元武宗。这场内乱，让元朝的“元气”大伤，从此开始走下坡路。
要是给铁穆耳的一生打分，满分100分的话，他能得70分——前半生的“维稳”操作能拿90分，晚年的“翻车”扣掉20分，刚好及格往上。
他的功劳很明显：接手了忽必烈留下的“烂摊子”，却能稳住局面，停止了无意义的战争，整顿了吏治，发展了经济，还解决了西北叛乱这个“老大难”问题。可以说，没有他这十几年的“守成”，元朝可能早就因为内部矛盾和外部战争垮掉了。《元史》评价他“承天下混一之后，垂拱而治，可谓善于守成者矣”，这话很中肯，他确实是个“善于守成”的皇帝。
参考《元史》