子、任免宰相，还是李治说了算。有一次，武则天想让她的亲戚当官，李治直接驳回了，说“外戚干政是祸根，不能开这个头”。还有一次，武则天想修改礼仪，李治也没同意，说“礼仪是国家的根本，不能随便改”。
《资治通鉴》里记载，李治曾经对大臣说“朕与皇后同体，故令皇后预闻政事”——这话的意思是“我和皇后是一家人，所以让她帮我处理政事”，但“预闻”不等于“做主”，真正的决定权还是在李治手里。
李治对武则天也不是完全信任，他曾经因为武则天权力太大，想废了她，还让宰相上官仪起草了废后诏书。可武则天一哭二闹三上吊，李治又心软了，说“这都是上官仪教我的”，结果上官仪被武则天杀了。这件事看起来是李治“怂”了，其实是他权衡利弊后的选择——当时武则天已经有了一定的势力，废了她可能会引起朝堂动荡，而且李治确实需要武则天帮他处理政务，毕竟他的身体越来越差了。
从显庆年间（656-661年）开始，李治的风疾就越来越严重了，经常头晕目眩，看不清东西，有时候连朝都上不了。没办法，他只能让武则天帮他处理更多的政务，武则天的权力也越来越大。
武则天是个有野心的女人，她利用处理政务的机会，提拔了不少自己的人，比如她的侄子武承嗣、武三思，还有一些忠于她的大臣。李治看在眼里，急在心里，可他身体不好，管不了那么多了。
更让李治头疼的是太子问题。他一开始立的太子是李忠，李忠是宫女所生，后来武则天当了皇后，李忠就被废了，改立武则天的儿子李弘为太子。李弘是个好孩子，仁厚孝顺，还敢跟武则天顶嘴。有一次，李弘发现王皇后的女儿还被囚禁着，就向李治求情，让她们嫁人。武则天知道后，气得不行，觉得李弘胳膊肘往外拐，没过多久，李弘就“暴毙”了——很多人说李弘是被武则天毒死的，《新唐书》和《资治通鉴》也这么写，但《旧唐书》里只说李弘“薨于合璧宫”，没说被毒死，真相至今是个谜。
李弘死了，李治又立武则天的二儿子李贤为太子。李贤比李弘更聪明，还写了《后汉书注》，在朝堂上很有威望。武则天怕李贤以后会威胁自己的权力，就找了个理由，说李贤谋反，还在他宫里搜出了几百件兵器。李治知道李贤是被冤枉的，想从轻发落，可武则天不答应，说“太子谋反，罪该万死，陛下不能徇私”。最后，李贤被废为庶人，流放到巴州（今四川巴中），后来还是被武则天派人杀了。
连续两个儿子出事，李治的身体更差了。弘道元年（683年），李治在洛阳贞观殿病重，他知道自己快撑不住了，就召来宰相裴炎，交代后事：“朕死后，太子李显继位，军国大事要是他处理不了，就由皇后决断。”这道遗诏，既是李治对自己一生权力的最后安排，也为武则天后来的称帝埋下了伏笔。
同年十二月，李治驾崩，享年五十六岁。高宗纪》里用“永徽之治，百姓阜安，有贞观之遗风”来评价他的统治——这个评价很中肯，李治虽然没他爹李世民那么耀眼，也没他老婆武则天那么狠辣，但他在位三十四年，把大唐的国力推向了顶峰，也给后来的“开元盛世”打下了坚实的基础。
李治临死前，肯定觉得自己的安排很稳妥：太子李显继位，是自己的亲儿子；武则天辅政，是自己的老婆，两人都是自己最亲近的人，肯定能守住大唐的江山。可他千算万算，没算到李显是个“扶不起的阿斗”，更没算到武则天的野心已经大到想当皇帝。
李显登基后，就是唐中宗。他刚坐上龙椅，就想提拔自己的老丈人韦玄贞当宰相，还说“我就是把天下给韦玄贞，也没什么不可以的！”裴炎一听，赶紧去告诉武则天。武则天本来就想掌权，一看李显这么荒唐，正好有了理由，当天就把李显废了，贬为庐陵王，发配到房州（今湖北房县）。