但热武器只能对他造成消耗、不能致命，{烧瓶小人}很快再次取得优势，即将对机械手臂坏了的爱德华下手——关键时刻，弟弟阿尔献祭自己的灵魂换回了爱德华的手臂。
恢复到全盛时期的爱德华开始反击，重伤而且压制不住{神}的{烧瓶小人}将手插进{贪婪}的身体、准备回收属于自己的力量——即使东方皇子的灵魂拼命想要留住自己的战友也没有成功。
“色欲死于动心，嫉妒死于羡慕，暴食死于单纯，懒惰死于勤快，傲慢死于逃避，愤怒死于淡然”垂目思考：“{给予}其正确的结局吗”
爱德华已经看出了这是什么征兆：【瓶中小人，回到你出生的地方吧！】
——重新化为一团黑雾的它回到了真理之门后奇怪的是，这扇黑门上没有任何图案。
【为什么？不解：【神，你还有什么不满足？】
球形的白色的小人回答了它：【因为你并不相信自己——盗取他人之物、诞生于人的生物，却寄希望于所谓的神】
它身后，黑色的真理之门张开，巨大的眼睛伸出手，将它拖进门内。
“这就结束了吗？”毛利其实并不是很看得懂：“那主角的弟弟怎么办？就这么没了？”
父亲主动要用自己的灵魂去换也被拒绝了——爱德华不会用任何的灵魂。
画好了人体炼成阵后，他与还带着自己一条腿的、白色的小人对话。
白色小人惊讶道：【你甘心沦为一个不能用炼金术的普通人？】
【什么沦为？本来就是普通人】爱德华仰望这宽阔的黑门：【连一个被变成合成兽的孩子，也救不了的渺小的人类。】
【想好了，真的不要了吗？】
爱德华回头露出笑脸：【没有炼金术，我还有大家嘛！】
【回答正确！】白色的小人发出赞赏：【你赢了我！】
随着真理之门的消散，白色的小人的身形也散开——爱德华搀扶起瘦骨嶙峋的弟弟的身体、走向另一边的出口。
“我还是第一次见这么厉害的主角大决战后失去所有力量的。”服部平次感慨道。
服部平藏眯起眼：“所以说，这世界上有很多比力量更重要的东西。”
夕阳下，霍恩海姆想起了自己年轻时、还能与{烧瓶小人}和睦相处的时光。
【你的幸福是是什么？】
【我倒是不奢求什么，】烧瓶里的黑雾生物望向远方：【能从这个烧瓶里出来，就很幸福了吧？】
深夜，霍恩海姆回到了自己妻子的墓前——失去了充斥{贤者之石}的血液，他的身体已经到了极限，皮肤上出现了密密麻麻的裂痕。
【爱德华他叫了我爸爸那个时候我衷心地感觉活着真好，真是充实的人生已经足够了。】
次日邻居家的老太太发现他时，他已经死去了。
“唉”柯南低下头：“他用一辈子去偿还了自己的罪孽，尽管那并不是他的错”
——用一辈子去请求体内灵魂的原谅、去拯救其他的国家。
东方皇子带着贤者之石返回，不出意料的话，他将成为皇位的继承人；
爱德华和弟弟回到了故乡，见到了女主温莉之后他们也一一拜访了其他战友，大部分人由于救治及时、保下了性命；
罗伊大统领正在调整国家的制度，准备将这个国家变得更好
最后的最后，爱德华在火车站向温莉发起了炼金术师式的告白。
【等价交换吧！】
爱德华红着脸喊出声：【我的人生给你一半！你的人生也给我一半！】
温莉无语了几秒，还是接受了这奇怪的告白：【真是的，全部给你就是了】
说到这里，她也有点脸红了：【不，还是给7成吧？8成？