列事件发生之后，帝皇转而着手一个新计划。他利用源于基因原体们的基因样本创造了一批战士。这些战士将会继承一部分基因原体的特质。这些统一时代的基因改造战士的继承者们就是阿斯塔特军团，星际陆战队的第一次创建。
帝皇率领着星际陆战队重新征服太阳系，驱逐土星和木星的卫星上的异星奴役者，更重要的是，他和火星上的机械教达成了联合。地球和火星的联盟为帝皇将大远征更深地推进到广袤的星空提供了手段和物力。
随着亚空间风暴的最终消散，大远征开始了。帝皇的军队东征西讨，开疆拓土，重新发现一度失落的人类世界，驱逐异星压迫者。这其中最重要的可能就是帝皇重新发现了他失落的儿子们——基因原体。基因原体们分散在银河各处，他们在二百年间一个接一个地被找到，重新和他们的父亲和兄弟们团结在一起。他们都被授予了利用自己的基因种子创造的阿斯塔特军团的指挥权，在父亲建立帝国的事业中扮演自己的角色。
基因原体中的第一位乃是荷鲁斯。他第一个被找到，也最受尊敬。在大远征进行了很长时间以后，帝皇决定回到地球，授命荷鲁斯代替他领导军队。帝皇赐予荷鲁斯大司战的头衔，宣布今后将由他的儿子们来展现他们卓越的领导才能。在从前线军事指挥中抽身后，帝皇建立了地球议会和什一税制度，并且让帝国的政府机构覆盖整个帝国。此后，帝皇隐退到帝国皇宫的地下，开始黄金王座的建造。
TheHorusHeresy
荷鲁斯叛乱
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事情的发展并没有让帝皇的所有部下满意，他的几个儿子尤其不满。在大远征的最后阶段，帝皇最信赖的儿子荷鲁斯拜倒在混沌的诱惑之下。荷鲁斯被告知，帝皇之所以要离开大远征，是因为他想成为神祗，从而抛弃他的所有儿子并且背弃大远征的核心信条之一(即启蒙人类，将人类从伪神的束缚中解放出来)。荷鲁斯视拯救帝国为己任，背叛了他的父亲。荷鲁斯腐化了整整一半的星际陆战队军团，带领他们反对帝皇，从而使得新生的银河帝国陷入了内战的滔天战火。这次内战是人类历史上最大的一场战争，亿万生灵在争斗中丧生，背叛的军团们让它们曾经参与创建的帝国在战争中支离破碎。
这次可怕的背叛的最后一幕上演在地球上空，帝皇领导了一次对荷鲁斯旗舰的孤注一掷的进攻。虽然帝皇的体格和灵能深不可测，但是由于同时拥有四大邪神的赐福，荷鲁斯也变得非常强大。经过一场悲剧性的战斗，虽然帝皇为失去他最喜爱的儿子深感痛心，他最终还是杀死了荷鲁斯。这场战斗让帝皇也濒临死亡。在这种状况下，罗格?多恩找到了帝皇。濒死的帝皇指示在黄金王座上安装神秘的生命支持设备，从而可以维持他的剩余细胞存活长达一万年以上。帝皇随即就被转入了这种改造过的黄金王座。
Transcendence
超凡入圣
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登上黄金王座