现的第三个感染者母体，人们便将其命名为“第三母体”。当时，第三舰队最初的计划是试图捕获这个神秘而可怕的存在。然而，当他们真正面对这个庞然大物时才惊觉自己的想法有多么天真。
数以千计的人类战舰在感染者母体面前简直如同脆弱的纸糊玩具一般不堪一击。那感染者母体挥舞着它巨大且狰狞的触手，以摧枯拉朽之势将一艘又一艘战舰轻易撕裂、摧毁，整个场面犹如一场血腥恐怖的大屠杀。在这场实力悬殊的战斗中，第三舰队遭受了前所未有的重创，最终仅有一艘名为“鲸鲨”的航母勉强拖着残破不堪的身躯侥幸逃脱。
可谁也没想到，这艘历经磨难逃出生天的航母在抵达科技会的港口后不久，突然之间发生了一场惊天动地的大爆炸。伴随着震耳欲聋的巨响，熊熊烈焰瞬间吞噬了整艘航母，随后它便带着无尽的遗憾沉入了冰冷黑暗的海底深处。
为了挽回部分损失并了解更多关于感染者母体的信息，科技会紧接着派出了第二和第五两支舰队前往出事海域回收那些因与感染者母体交战而损毁的战舰。但令人揪心的是，这两支舰队自此一去不复返，仿佛消失在了无边无际的汪洋大海之中。
随后不久，科技会通过卫星监控系统惊讶地发现，第三、第二和第五舰队竟然如同人间蒸发一般，毫无踪迹可寻！这一惊人的消息瞬间传遍整个组织，引发了巨大的震动。于是，科技会紧急召集了一场重要的会议。
自科技会成功推翻世界联合政府，并将其权力牢牢掌控在手之后，各国的海上部队首领、总指挥和元帅们纷纷与科技会达成了一系列协议。根据这些协议，科技会承担起为各支部队的士兵供应充足物资和先进武器的责任；相应地，这些部队也必须无条件服从科技会的统一指挥调遣。
在众多海上力量当中，实力最为强大的当属以下几支舰队：位于宝石山湾的海上舰队实力雄厚，装备精良，素有“海上霸主”之美誉；有着“海上警察”之称的星旗海上舰队纪律严明，行动迅速高效；此外，还有由各个小国家的海上部队联合组建而成的“海皇”海上舰队，虽然成员来自不同国度，但协同作战能力不容小觑。
然而，原本总数达十六支的海上舰队，由于第三母体带来的威胁，如今已有三支不幸消失得无影无踪。尽管各个势力的舰队平日里彼此间存在诸多矛盾和竞争，互不相让，但当面临共同的外敌时，他们却能够摒弃前嫌，紧密团结在一起，携手共御强敌。这种团结一致的精神成为了抵御危机的坚实后盾。