师；灾后第三天，天启皇帝下了一道“罪己诏”，将自己斥责一番，并赴太庙祭拜，还从内帑中拨出一万两白银抚慰死伤者家属。同时，他指示朝中所有臣工都要穿朴素的衣服，务必竭力虔诚地“洗心办事”，“痛加反省”，以便大明王朝实现“长治久安，万事消弭。”
灾变结束后，顺天府彻查出事情始末，将之如实呈报朝廷。当然，顺天府的推官衙役根本就发现不了厉若冰和熊思飞决斗的真相，他们认为王恭厂大爆炸是因为熊思飞偷袭风华社失败，逃到王恭厂，企图点燃里面囤积的火药制造混乱来逃过追击，可最后却引发了连环爆炸，最终导致惨剧不可遏制。
由此而论，熊思飞罪恶昭彰，十恶不赦，朝中再也没有一个朝臣愿意站出来为他说话。朝廷即刻下令取缔花旗社，相关人等一律逮捕入狱。但是花旗社经过风华社和三十六道的围攻，本来就没剩下多少人，再加上灾变之中又失踪了一部分，所以最后只是查封了花旗社的总坛和各处分社，将他们历年来赚取的银两缴入国库充公，并抓了几个罪大恶极的人关入大牢了事。
至此，因王恭厂大爆炸而引起的诸多问题终于得到解决，称霸京师多年的花旗社亦招致覆灭，不复当年盛况。而在这次灾变之中成功挺过了花旗社突袭的风华社则名动京师，成为京师内实力最强的政治派别。