1933年3月，东条英机被任命为陆军少将，同年11月任军事调查部部长。1934年3月，东条英机在军事调查部长的位置只做了四个月，便被调到陆军士官学校，随后又先后任职于步兵第24旅团和第12师团司令部。
日本以武力强下行占领中国东北后，为了实现对伪满洲国的所谓一元化统治，于1932年便出台了所谓的《八八》决议，随后又于1934年将日本驻伪满洲国的机构进行重新整顿。自此时起，关东军实际上掌控了伪满的政治、军事、外交以及经济大权，关东军司令官也就成了太上皇。东条英机所任宪兵司令官一职，按照规定同时兼任日本驻满行政事务局长的要职。东条英机到任后，首先做的第一件事就是扶植自己的党羽。在此之前，关东军宪兵队仅仅是一个编制仅200人左右的队伍。这点微不足道的力量，当然无法满足东条英机的需要。于是他迅速从日本本土、台湾以及朝鲜等地调集了一批得力干将，并为他们在宪兵队里安排要职，在短时间内培植了对其忠心耿耿的亲信。
1936年2月26日清晨，“皇道派“近1500名少壮派军人在东京发动了军事政变。他们占领了首相府、陆军省、内务省和参谋本部等重要机构，还控制了《朝日新闻》社。内务大臣斋藤实、陆军教育总监渡边锭太郎、大藏相高桥是清等人被政变军人杀死。政变者以“尊皇讨奸“、“昭和维新“为口号，支持荒木贞夫等“皇道派“首领掌权组阁，建立法西斯体制，立即“北进“，讨伐苏联。政变使东京陷入一片混乱。政变的消息很快传到“满洲“，作为“统制派“骨干的东条英机不禁暗暗吃惊，因为关东军内部也有不少“皇道派“的同情者，他自己可能也成为“皇道派“分子刺杀的目标之一。不久，情势更加危急--驻哈尔滨的第十一特混旅团真川少将发出通电，声称支持国内的“兵谏“;驻“东满“的一六师团已自行出动，赶往“新京“;佳木斯守备营发生暴动，已占领东站、拦截火车。东条英机面对危机情势，拿出一贯作风，根据关东军镇压命令的指示展开大搜捕，指示手下宪兵搜捕中可不与所属部队长官商量而直接行事。他向各师、旅团及分散于各地的宪警长官发出密电和密令，命令立即处决叛国乱军者。根据“黑名单“，长春的宪兵迅速行动，逮捕毙杀了长春的全部“皇道派“高级军官。另一方面，东条英机不失时机地向天皇和军部发出通电，表明立场，宣称关东军反对“兵谏“，坚决支持天皇。通电中说：“'皇道派'逆徒杀戮帝国重臣，以武力逼宫，辱我皇威乱我政纲，致举世骇怒。今全体关东军声明矢忠于万世一系之皇统，不惜以武力歼灭任何反叛，以靖神国。今至誓师讨逆。敦请军部立即通令逮捕败类并整肃全国。'皇道派'叛军如尽早举械迎降，可免重刑。如顽抗不鸣，关东军必振武奋击，代行天惩!“东条英机的果断强力行动，稳定了关东军的局势，使“统制派“牢牢控制住这个“皇军之花“，遥呼东京的“平叛“行动。28日，东京戒严司令部发布“奉敕命令“，出动军队，镇压“叛军“。次日，叛军纷纷投降。后来，为首的17名“皇道派“军官和法西斯主义理论家北一辉等被处决，其他主要“皇道派“军官被解职、降职，“皇道派“势力在军部遭到大清洗。随着“二·二六“兵变的失败结局，“统制派“获得了压倒“皇道派“的优势地位。东条英机镇压中国东北人民的抗日武装恢复“满洲治安“的“战果“，以及在“二·二六事件“中支持天皇的忠心表现，为他赢得了军部中央的支持和赏识。1936年12月1日，东条英机被晋升为陆军中将。
以东条英机为参谋长的关东军态度鲜明地支持强硬派的立场，他们以中国军队进入察哈尔将对满洲国构成威胁为借口，强烈要求参谋本部准予其向华北发动攻势。关东军的这一态度，对强硬派来说自然是求之不得的