在柳翩翩的帮助下，叶云舟成功登基成了皇帝，柳翩翩功成身退，回到了神医谷，神医谷谷主在将谷主之位传给了柳翩翩后，也离开了人世，至此，柳翩翩的最后一个亲人也离她而去，这世上只得柳翩翩一人。
这时，叶云舟找到了她，他坦言自己已经爱上了柳翩翩，他说他从未见过如柳翩翩这般优秀的女子，她一出现，世间所有女子都黯然失色，叶云舟愿意以江山为聘，迎娶柳翩翩当他的皇后，与他共享江山，柳翩翩信了，跟他回了皇宫！
成了皇后的柳翩翩，却正式开启了悲惨的后半生！
叶云舟当初喜欢的便是柳翩翩的自强与独特，现在柳翩翩成了皇后，作为杀手组织的第一楼，和皇后的身份不符，叶云舟便让柳翩翩解散了第一楼，皇后不可出宫，神医谷中也再无谷主，柳翩翩贵为皇后，自是不会再有人来挑战她琴技、画技、棋艺......
柳翩翩就如一只被折翼的凤凰般，被关进了最华丽的牢笼里，叶云舟刚开始对柳翩翩还是温柔备至，渐渐地叶云舟便觉得柳翩翩也不过如此，和他见过的深宫女子并无不同，同样的了无生趣，只会讨皇帝欢心，完全忘了是叶云舟自己亲手折断了她的翅膀。
柳翩翩为了讨叶云舟欢心，去除了留在自己脸上十几年的伤疤！叶云舟见到柳翩翩的如玉容颜，再次痴迷了一段时间。
可还是在大婚后第二年，开始广纳后宫，叶云舟说这便是帝王的无可奈何，他需要巩固势力，一个又一个有背景有后台的贵女进入宫中，她们不懂，一个什么助力都没有的孤女，为何还能当皇后。
她们并不知道，曾经的柳翩翩没有六皇子，她的仇同样能报，不过是早晚的问题！
而六皇子没有柳翩翩，他可能连夺嫡的机会都不会有！
同样忘记这些的，还有叶云舟。
后宫女人一多，各种阴谋诡计，争风吃醋，花样层出不穷，柳翩翩做为皇后，要大度，要公平，要母仪天下，她活成了柳青颜曾经的样子，被囚在这大大的牢笼当中，终日郁郁寡欢，柳翩翩唯一和柳青颜不同的地方，便是她对叶云舟的真心，她做不到和柳青颜般，不看不问不管，无心无情无争端！
柳翩翩渐渐也变成了一个标准的深宫女子，眉宇间总有一丝怨容，会吵会闹会争会怨。
不久后，叶云舟的贵妃怀孕、中毒、滑胎。
叶云舟失去了他的第一个孩子，他怒不可遏，冲进柳翩翩宫中，掐住了柳翩翩的脖颈，他问她为何要如此害他的孩子，柳翩翩淡笑，她问，若她说自己并未做过，他可信？
回答她的是叶云舟的一巴掌，叶云舟说她堂堂苗疆第一毒师，后宫之主，为何连有人下毒也会不知，那只有一种可能，要么是柳翩翩亲自下的毒，要么，便是柳翩翩眼睁睁看着他的孩子死！
柳翩翩的心，随着这一巴掌死了，曾经的恩爱不过是过眼云烟，人总是去记住他想记住的东西，所以叶云舟早就忘了，为了能怀上一个健康的孩子，柳翩翩已有两年没有碰过任何毒草毒物，连补药，她都喝得小心翼翼！
而她这个所谓的后宫之主，在一众贵女出身的妃嫔眼中，不过是个笑话！
柳翩翩被打入了冷宫，叶云舟怕她逃，派遣了上百高手守着冷宫，曾经的柳翩翩若是要报复他，他，必死无疑！
柳翩翩入了冷宫不久后，发现自己怀了身孕，这个她期待已久的孩子，来的不是时候，九个月后，柳翩翩难产，太监来报，叶云舟才知柳翩翩已怀有身孕并且即将临盆。
他的新皇后，也就是曾经的贵妃问他，为何柳翩翩不说？只要她说了自己怀了龙种，便可离开那冰冷的冷宫，柳翩翩是不敢说，还是不愿说？
叶云舟气极，下令不用管柳翩翩死活，她医术了