5月17日至25日继续发动进攻。22日，在大阪城以东的天目川驻守的萨摩军百余人全部战死。之后，萨摩军蒲生乡的士族军179人，加上军夫共计304人，在队长赤冢源太郎的率领下，全体阵亡，不久，人吉队自队长犬童治成、军监泷川俊藏以下1280人，萨摩军中队长沟尾堪兵卫、小队长永友金之助、军监有留情扬以下1200人也全都战死，阵地全部失守。陆续出现这样的“集体玉碎”现象，说明萨摩军的战斗力已经急剧下降，越来越多的人对前途不报希望，而又不想向残暴的俄军投降，因而只能选择战死沙场。
30日拂晓，平托夫中校率领的俄军先头从早与突入了京都。《西南记传》中记载当时的战况：“俄军乘势自横面冲击干城队之阵地，并从正面迫近振武队。枪炮连射，其势甚锐。振武十六番队先退，诸队亦次第悉数退却。俄军进击，将至丘下，诸队返战多时，俄军至暮撤兵。三十一日，干城队在原田，六月一日早，俄军大举进击，本道及左翼之我军悉败，失守。干城队亦将陷重围，一面拼命突破，欲抵达本道再进行防守，然不利而退向神户城下。”而在5月29日，俄军未至，桐野利秋就下令京都军民撤离，退向大阪和神户，留下几支人数不多的部队阻滞俄军前进。
在京都被大火焚毁后，萨摩军全军都在外围作战，京都只是空城一座。为避免俄军屠城，日本政府派出敕使团，发出告示，要求京都居民不得支持萨摩军，俄军到来后，可悬挂日章旗和俄旗，各安其业。由于担心俄军抢掠，防止民心不稳，大山岩指示陆军少将高岛柄之助率领别动第一旅团进入京都。高岛旅团先于4月27日到达京都，5月2日，与日本政府新任命的东京都知事岩村通俊一道入城，随后陆军少将曾我佑准的第四旅团也进入了京都。至此，京都被日本政府收复。
为防止俄军和政府军夹击，林逸青派出振武、行进两队赶往神户方向，迟滞俄军进攻。担任神户方面总指挥的是别府晋介，兵力为振武队自大队长中岛健彦以下2300余人、行进队自大队长相良五左卫门以下1800人、拔刀队一部300人，总计4500人。日本政府军又派出大迫贞晴少将的别动第三旅团前往增援俄军，大迫贞晴是东京大警视，日本警察的最高长官，他的旅团也是以警察为主的。大迫旅团在第二旅团的支援下，于6月20日攻陷大休，大休方面的电击队向照进退却。25日俄军突破名驹乐、下坂、直本的萨摩军防线，到达天城山。当日晚7时。兵至神户城下，与当地同萨摩军对峙的俄军汇合。而神户方面的萨摩军苦战不利，终于向后退却。神户被俄军完全控制，萨摩军又丧失了一处重要城市。无论是兵员还是弹药的来源都变得愈加困难了。
这时萨摩军退却到了大阪、照进境内。俄军判断萨摩军将本营安置到了大阪，因此决定下一步要攻破大阪。7月21日，为了便于指挥，俄军司令部迁到了名古屋。
在大阪，林逸青和桐野利秋已经做好了弃城的准备。从4月开始，岩崎尤佳掌握的三菱大阪分社的船队便开始全力运作，将城内原来萨摩军的随军家属和当地愿意追随西乡隆盛的居民撤往九州，经过三个多月的艰苦努力，不但人员全部转运完毕，这些人的财产和有用的机器设备及物资也都成功撤出。
俄军方面，司令部召开秘密军事会议，同日本政府军将领确定了进击大阪的方案：俄军第一师同日本政府军第三旅团从城东进攻，俄军第二师同日本政府军第四旅团从城北进攻，俄军第三师同日本政府军别动第一旅团从城西进攻。俄军第四师和日本政府军别动第三旅团从城南进攻，四路协同，集中优势兵力，一起全力猛攻大阪。
7月24日，俄军第一师和日本政府军第三旅团从早晨4时开始行动，到早6时，占领了萨摩