这还罢了，关键是，当时的管理体系，无论是技术上还是制度上都不可能有什么效率。想想看，没有电报、电话、传真、网络之类的手段，消息从地方传到中央，指令再从中央传到地方，这延迟就已经很可怕了。所以地方上许多狗皮倒灶的事情，上级管理部门莫说不知道，就算知道了，也只有干瞪眼。
李治亭在《吴三桂大传》里有这么一段：
辽东地区是从洪武二十八年（1395年）起，皆令屯田自食。《明太祖实录》，卷233。江苏国学图书馆本，下同。每一军士给地50亩，至永乐初年，全辽25卫，屯地已达25300余顷，屯粮一年可收入716000余石。《明宪宗实录》，卷244。应该说，这种以守军耕种的屯田法在一定时期收到了效果。但是，好景不长。广大军士辛苦耕种的土地和收获的粮食逐渐被他们的直接统治者——各级将吏、地方大员任意占种和侵夺，屯田制遭到破坏，而夺占耕地者迅速富裕起来。这些夺占者有镇守都督、都督同知、都督佥事、总兵官、副总兵官、都司指挥使，就连那些千户、百户等低级官吏和他们的子弟也敢于侵夺。到正统八年(1443年)，实行屯田才几十年，朝廷大臣们就惊呼：沿边各将吏“广置庄田，私役屯军，改挑渠道，专擅水利，又纵下人占种膏腴屯田，是使军士怨嗟，民政废弛”《明英宗实录》，卷103。这是说，驻守边疆的将吏们利用自己手中的权力，都私自设置自己的庄田，霸占水利设施，夺占肥地、好地，随意役使部属军士为他们耕种，收获全部归己。
明代的边防军多由罪犯充任。列居九边之首的辽东，戍边“军士多以罪谪戍”《明太祖实录》，卷244。他们被加上各种重罪名目而充军到辽东，编入军队。一年到头，他们除了修城、担任守卫，主要任务就是从事屯田。他们真正成了当地各级将吏的农奴，他们的份地随意被夺占，他们的收获物可以随意被征收或全部没收。据正统十年（1445年）报告：辽东都司卫所官员“近年……多私役军余，将膏腴者耕种收利入己，硗薄者拨与屯军，有名无实”《明英宗实录》，卷127。。成化十三年（1477年），辽东“近城各卫，膏腴田地多被卫所官员富豪占种”《明宪宗实录》，卷161。。明中叶以后，夺占军士土地的情况更为严重。以嘉靖八年（1529年）为例，这一年就连续揭发了镇守辽东的镇守太监白怀、镇守总兵麻循、监枪少监张泰、镇守辽阳副总兵张铭，以及分守监丞卢安、参将肖滓、李监、游击将军傅瀚等一大批人，“各占种军民田土，多者二百五十余顷，少者十余顷”《明世宗实录》，卷101。。按当地标准，1顷为100百亩，占地250余顷，合25000余亩；占地10余顷就是1000余亩。万历初年，张居正当政，清丈土地，在辽东清查出被侵占的屯地共8390顷，屯粮是199840余石。《明神宗实录》，卷122。以辽东历年屯田最高额永乐初年的253000余顷做比较，到这时，被当地官员将领侵占的土地已在1/3以上！
到万历末年，屯田遭到进一步破坏。大学士叶向高指出：在洪武、永熙年间，辽东屯粮达70万石，而此时才17万石！他特别指明辽西地区“屯堡萧然，十室九空”《明经世文编》，358页，“清理辽东屯田疏”。军屯民地，都被当地统治者收罗一空。天启时，当是吴家蒸蒸日上，财源滚滚而来的时期。天启五年，朝廷披露榆关即山海关外各镇将侵占屯田的情况：这些人把“各处膏腴瓜田弥望者，皆镇将霸为养廉，远而硗者始为军屯。屯之利在武弁，不在朝廷”《明熹宗实录》，卷60。。这里所说山海关外，就是指中前、中后、前屯至宁远、锦州这一地区。这份材料没有指名道姓参奏，说明各镇将的不法行为，已成为当时非常普遍的情况。凡是好地、肥