郑成功在誓师起兵后，华夏大地的局势又发生了变化。
华南，在1646年末，隆武帝死后，在两广总督丁魁楚和广西巡抚瞿式耜等人的拥护下，桂王朱由榔按大明惯例宣称监国，准备过一段时间再称帝。
但监国七天之后，传来了江西赣州失守的消息。尽管广东肇庆距离江西赣州还有相当一段路程，广东全省还在明朝管辖之下，朱由榔领着朝臣逃往广西。
此时隆武帝的弟弟唐王朱聿鐭在原郑芝龙的手下林察保护下到达了广东。
看到桂王逃离了广东，在东阁大学士苏观生、隆武朝辅臣何吾驺、总兵林察等拥戴下，朱聿鐭在1646年12月匆忙称帝，改元绍武，史称绍武帝。
十一月初八日，朱聿鐭在广州即位的消息传到梧州，朱由榔和廷臣丁魁楚等人大吃一惊。
为了收拾民心，在十一月十二日桂王朱由榔东返肇庆，十八日宣布即皇帝位，改元永历，史称永历帝。
这样，在广东一省之内，几乎同时建立了两个南明政权，仍然沿袭了过去朝廷上党争伐斗。
在苏观生的把持下，绍武政权一开始就没有把抗清放在首位。相反，为了争夺帝统，苏观生派陈际泰为督师，林察为总兵，调动军队向肇庆进攻。
永历政权见此，也调兵遣将，以广东学道林佳鼎为兵部右侍郎总督军务，夏四敷任监军，会同从韶州调来的武靖伯李明忠带领一万多名士卒迎击。
大明内部互相火并，兵戎相见时。
清军李成栋等人利用绍武政权的注意力完全集中于同西面的永历朝廷打内战的机会，以迅雷不及掩耳之势由福建经潮州、惠州向广州急速推进，一路上几乎没有遇到任何抵抗。
进军途中每到一地立即扫除传递军情的塘兵，封锁消息，用缴获的南明地方官印发出太平无事的塘报。
十二月十四日（公元1647年1月），清军前锋以帕包头，伪装成明朝军队，出其不意地攻入广州。
苏观生急令关闭城门，调兵作战。可是，精兵都派往肇庆方面去对付永历朝廷，一时调不回来。广州重镇就这样糊里糊涂地被清军占领。
绍武帝及苏观生等皆自缢，绍武政权仅仅维持40天就覆灭了。
广州沦陷的消息传来，永历朝廷又故伎重演，于1646年（顺治三年）十二月二十六日离开肇庆逃入广西。到达梧州，仍恐不安全，又经平乐府逃到桂林。
李成栋在1647年正月十九日由三水进至高明，留守肇庆的明两广总督朱治涧不战而逃。
李成栋即命部将罗成耀留镇肇庆，自己领主力进攻梧州。梧州守将陈邦傅弃城而逃。二十九日，李成栋占领梧州。二月间，明内阁首辅丁魁楚投降，被杀。
李成栋攻陷攻克广东后，清军四处烧杀抢夺，激起了广东百姓的起义。
张家玉到广东，亲率农民军攻克东莞、新安，陈子壮约会花山农民军起兵于南海县的九江村，陈邦彦会合农民军首领余龙起兵于高明。
广东的起义，迫使李成栋回师救援，永历暂时得到了喘息。
在西南，1647年正月，清军攻入四川，大西军的张献忠被清军射死。
在清军咄咄逼人的情势下，大西军余部在孙可望﹑李定国﹑刘文秀﹑艾能奇四将军的率领下急速南撤，渡过长江天险，进入贵州，占领贵阳，途中艾能奇在进攻东川时战死。
豪格统率的清军追至遵义，由于四川连年征战，地方残破荒芜，无法解决粮饷供应，豪格率领满、汉军经陕西撤回北京，留下王遵坦、李国英等愿明朝降将在川北据有保宁一隅之