，他们都是盗贼出身，很难顾守城池，我听说上郡（今陕西省榆林市绥德县）及其他两个郡地广人稀，而且粮食还很充足，我们到那里操练兵士，以观其变，便可拿下长安城。”
赤眉军的侦察兵打听到了汉军就在附近，于是樊崇遣派部将诸营保前去抗击汉军，邓禹也得到了消息，两军在栒邑（今陕西省咸阳市旬邑县）展开激战，最终邓禹完胜为结束。
建武帝听说邓禹迟迟不攻打长安城，就拟了一份诏书，派人快马加鞭送到前线，邓禹得到诏书后打开一看，上面写道：“大司徒就是尧的军队，赤眉贼军就是夏桀，你应该马上攻打他们，长安城中的老百姓惶惶不可终日，他们不知道应该归附谁，快点安抚民心。”邓禹不敢违抗圣意，挥兵进攻上郡诸县，留下冯愔和宗歆镇守栒邑。
此时河西太守宗育将自己的儿子送给邓禹那边，表示愿意归降，正在邓禹顺利攻克州县的时候，内部出了问题，留在栒邑的冯愔为了争夺权利不惜杀害另一名镇守将领宗歆，欲要反叛邓禹。
邓禹得到这个消息后非常气愤，暂时停下进攻战事，连忙赶回去，见到冯愔愤怒的说：“我让你们两个人坚守岗位，竟然为了争权杀死自己人，大家都是兄弟，至于吗？”邓禹没有处于好这件事情，也许是因为年轻，这一年，他只要二十四岁，便派人去洛阳将此事告诉建武帝。
报信人见到建武帝说：大司徒手下的两名将军发生了矛盾，一名将军诛杀了另一名将军，大司徒派我来询问陛下，这件事情如何解决？
建武帝说：“那名反叛者最信任的人是谁？”
报信人说：是他的贴身护军黄防。
建武帝小笑说：“你回告诉邓禹，这件事情很好办，这个黄防必定会效仿那名反叛者。”
这名报信人回去之后说：陛下让我转告大司徒，这件事情请您放心，束缚冯愔的人必定是他的护军黄防。过了几天果不其然，黄防又杀死了冯愔。
二十天以后
长安城中没了生活来源，当时长安宫中的宫女要几千人，实在没有可吃的食物了，她们便扑捉池塘里的鱼吃，甚至还挖芦菔根吃，而且这些宫女互相商量好，谁先饿死谁就把自己掩埋，可见其生活无法依靠。
赤眉军眼看这样下去办法，于是樊崇便下令离开长安，去寻找有食物的地方，这时邓禹看到赤眉军渐渐远去，便下令全军进入长安城。
赤眉军因为饥饿，造成体力不支，没有走出长安境内，没有吃的这个如何是好啊！樊崇想出来了一个能换取钱财的物品，就是盗倔汉帝陵，把里面的金银财宝通通取之而光，并且还把吕雉的陵寝也给盗了。
盗完帝陵之后，又准备回到长安，赤眉军到了长安东都门，看到汉军已经占领原本属于自己的城池，心中的怒火一下子蹭起来了，随即一场大战，邓禹无奈撤出长安城。
调整好部队之后，邓禹派车骑将军邓弘迎击赤眉军，自己则在旁边观战，几个回合后赤眉军被邓弘打跑了，只留下了一辆装满豆子的淄重车，汉军这边正好没有粮食了，正在把淄重车带回时却发现这是赤眉军使用的障眼法，只是上面有一层豆子，下面全是土。
此时邓禹接到了建武帝的诏书，命令他撤军，邓禹心想再和赤眉军交战一次，诸将劝说：现在士兵们空腹应战，恐怕难以打胜。
邓禹没有诸将的建议，又和赤眉军展开激战，结果又战死了三千余人，两万精兵几乎全军覆没，只带领着二十四个人逃回洛阳。
邓禹见到建武帝非常惭愧的说：臣辜负了陛下的期望，请陛下将臣的大司徒印和梁候印收回，以示谢罪。
建武帝安慰的说：“胜败乃兵家常事