堂，培养军官。抽选各军有材有素之士担任参谋赞画。有鉴于大明内忧外患之局，运筹科再分数处，分别研习对战东奴，海贼，流寇，山匪诸贼方略。
运筹科——掌管筹备设防，参赞方略，遇有战备，筹计分配军队，救国调官弁兵丁暨各处各国紧要探报，并拟办维和各文牍等事。
向导科——掌管陆路、水路、轮船、铁道、电线，平时详细考查行军相度指划凡关涉兵路运道事宜均归本科筹计。
测绘科——掌管测绘地势，勘察各处要害，沿海沿江各炮台暨修改中外舆图并刊印等事。
储材科——掌管高等学堂作养将领暨谋略人才，并撰译机密兵法战略等事。
军学司相比起军政司、军令司来，似乎简单了许多，但是仔细看来，事情更多：
编译科——管理编撰操典、兵法、战史暨翻译各国兵书、地志等事。
训练科——掌管拟定各兵种，画一操法，考查各军兵马是否合格，器械是否适用，教练各法是否一律，并有无进益暨步炮马队各项战法、工辎队各项用法若干程度，随时核定分数，呈请分别惩办。
教育科——掌管拟定各项武备学堂章程办法暨考查教育各法是否一律，有无进益，并选派学生出洋游学各事。
水师科——掌管各省兵轮炮船数目，官兵名数，并考查兵轮情形，依次筹划，设法整顿，随时呈请酌量施行。
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莫钰足足念了小半个时辰才念完，只念得口角满是白沫，众人听得如醉如痴。照主公的这个方略执行的话，不但不太可能形成藩镇、山头，只怕将领打算反水，都会立刻被部下绑送军法处。
“日后想花一文钱都得经理人员批准才可以了！“有人心中叫苦不迭。
“主公，方才听了这纪要之中所说，各镇各部日后若是补充兵马，须得经军政司批复，方得可行。那，属下不知，这预备兵马归何处管辖？由谁人统领？“
“各处的预备兵马，同着军政司等衙门一样，都是直接归本公直属！由本公统帅！听明白了没有？！“(未完待续。)